（一）主要病害
1.蒂腐病
蒂腐病为真菌性病害，主要危害果实，也危害枝梢。受害果实外部木栓化，果皮失绿色，变为黑褐色僵果挂于树上；枝梢受害致梢枯。多数是春季连绵阴雨，枯枝上的病原菌侵染花梗，使小果约在2厘米果径时开始发病，果实发育缓慢或终止。由于发病有先后，故病果有大小。潮湿环境对该病发生、发展有利。
2.凋萎病
凋萎病为细菌性病害。受害植株根系及近地面树干木质部组织变色，枝梢稀疏，叶片细小，生势差。一般在春末发病，夏天会突然死亡。
3.根腐病
根腐病为真菌性病害。受害植株根部可见黑色菌丝，树干基部的树皮下出现乳白色菌丝，在湿冷条件下树干会出现鲜红色的菌丝。
对上述病害的防治，除选择排水透气良好的园地种植、加强栽培管理健壮的树势外，主要是抓紧落后至发芽前的彻底清园，剪除并清扫病虫枝、病僵果、枯枝和落叶，集中烧毁，浅耕园地，搞好园地清洁，喷较高浓度的杀菌剂和树枝干涂白。新梢期喷1～2次杀菌剂，能有效地抑制病害的发生。此外，不要间种对凋萎敏感的茄科、萝卜等蔬菜。
（二）主要虫害
番荔枝虫害不多，也不严重。在广州及潮汕地区，已发现危害的有粉介壳虫危害果实等，木蠹蛾危害枝干。在台湾，以红蜘蛛危害最烈，造成严重落叶，尚有蓟马、螟虫、介壳虫的危害。相对而言，番荔枝虫害少且轻，很少喷药防治。若发生较严重危害，可参阅其他果树相应害虫的防治。
