枇杷的生理性病害，亦称非传染性病害。生理病害不是受微生物侵害引起的，而是由不良的外界环境条件所致。主要应防治好以下几种生理病害：
（1）日烧（日灼病）由强烈阳光照射所引起的局部温度升度而造成。多发生在果实的阳面。其症状是产生不规则凹陷，果肉逐渐干枯，呈黑褐色或紫褐色，不能食用。果实转色期前遇到日照强的晴天最易发生此病，严重的可损失1/3的产量；在树冠培养不当（拉枝过度）、更新修剪和高接换种时，由于内膛无枝叶保护，暴露的树干、树枝也会因强光照射，而发生枝干日烧病，初期韧皮部凹陷，渐渐焦枯发黑，皮层龟裂翘起。
防治方法：①进行果实套袋；②果面温度超过30℃时，应在中午前后（成都地区10时前，福建地区11时前开始）向树冠喷水；③培养合理的树冠，枝叶繁茂，使枝干不至于受到强光的照射。在高接及更新修剪时，将暴露的树干涂白。如已晒坏，刮净消毒后，在伤口上涂上50%多菌灵的50倍液或5波美度的石硫合剂。
（2）裂果在果实迅速膨大期或成熟期，天晴数日后突然下雨，果肉细胞吸水快速膨大，胀裂表皮，造成裂果。土层薄、保水保肥力差的果园，也易发生。果皮薄的品种、果面锈斑和病虫危害，都会加剧裂果。
防治方法：①选择不易裂果的优良品种作为主栽品种；②干旱时，要及时灌溉，保持土壤水分相对稳定，防止土壤过干或过湿；③在幼果迅速膨大期，勤施根外追肥，叶面喷0.2%尿素、0.2%硼砂或0.2%磷酸二氢钾，并在施肥的同时调节水分平衡。
（3）叶尖焦枯病在高温季节、土壤干燥或幼根受伤时，常发生幼叶叶尖焦枯和畸形，叶片细小，严重的叶片僵化或仅剩叶柄，甚至提前落叶。受害树果实小，发育受影响。一般以夏梢叶片发病较重，其次为春叶，秋叶很少发病。福建莆田枇杷产区果农俗称此病为“枇杷瘟”。据莆田市农业科学研究所蔡宗启等人研究，发现果园土壤偏酸缺钙，是此病发生的主要原因。土壤pH值4.6是此病发生的临界值。
防治方法：①选用抗本病的品种，如解放钟比长红3号抗病；②加强果园土壤改良，加厚土层，增施有机肥；③在发病时全树喷施0.4%的氯化钙，或喷0.4%氧化钙的同时，每株大树施用石灰5千克，效果很好。
（4）紫斑病（赤斑病）紫斑病在我国台湾、福建省，以及巴西、日本等国都曾有报道，西班牙发生特别严重，此病果实阳面形成的紫褐色斑纹，可扩大至全果面的30%，特别严重的会导致果实腐烂。西班牙枇杷果实15%遭致此病害，使这些果实的商品价值降低40%-50%。早熟种特别容易发生此病。近几年在福建莆田，“早钟6号”枇杷的紫斑病也时有发生，且有愈发严重的趋势。一般发生在枇杷果实开始着色前后，遇连续晴天，阳光强烈，果实阳面发紫色锈斑，一般不影响果肉，但严重时，会引起腐烂。不同品种抗紫斑病的能力有差异。
莆田市生物工程研究所吴得宜（2002年）对“早钟6号”）枇杷紫斑病初步调查，其结果表明，“早钟6号”的紫斑病实际上是轻度的日烧病。西北坡果园的发病比东南坡严重；果穗分布在树冠外部的发病率比树冠内部严重，树冠顶部比下部严重；果实的套袋不包叶（果实不靠在纸袋上）的发病比包叶的重；中小袋套果实的比大袋套果实的发病重；开口套袋的比不开口套袋发病重；开口套袋袋口朝上的比袋口朝下的发病重；果实套袋材料用牛皮纸的，比用颜色较浅的新闻纸袋发病率高一些；套不透气的纸袋比透气性好纸袋的果实发病更为严重；用双层袋套袋法，有利于减轻果实的发病率。
关于枇杷紫斑病的真正病因，也有人认为是果实内钙的失调。钙的减少使细胞壁更具透性，因而对那些影响蒸腾的因素，如强风、强日照更敏感。因此，应该避免水分的失衡。西班牙用营造防风林、遮尼龙网、塑料网和使用树冠叶片来保护果实等方法，可防止或减轻紫斑病。
防治方法：①尽量多留树冠内部和树冠下部的果实，少留树冠顶部的果穗；②果实套袋时，采取带2-3片叶包果套袋法，有利于减轻果实的发病率；③采用颜色较浅的纸张作为套袋材料；④采用全封闭包果法进行套袋；⑤适度保持土壤湿度，有利于减轻果实的发病率；⑥增施有机肥，促进树体健壮，增加叶果比，有利于减轻果实的发病率；⑦注意不进行过量修剪。
（5）冻害枇杷最不耐冻的器官是幼果，当气温降到-3℃以下，或虽不到-3℃，但在较暖时陡然降温，幼果的胚也会受冻，变为褐色。一个果实的胚如全部冻死，发育停止，就不再继续长大，到气候转暖时，可以看到果皮局部发褐，毛茸萎蔫。部分胚受冻的可以继续发育，但果实变形，不能长到正常大小，降低了商品价值。花的抗寒能力较强。幼果的局果面遭受霜雪冻害后形成的病斑，称为枇杷果实栓皮病（浙江黄岩群众称其为“和尚头”、“癞头疤”或“脆皮果”）。据资料介绍，在-6时，盛开的花冻死量达17.9%，花蕾基本未受冻。树冠外围的花果容易受冻，不同的品种受冻的程度不同，低温出现的时期愈晚，受害愈重。冻害，还会造成落叶、枝干特别是幼树枝干裂皮等危害。枇杷的树体对低温的忍受力较强，但刚移栽的幼苗会在-7℃时冻死。
防治方法：①在建园时，要严格选择园址。避免在冻害严重或冻害发生频率较高的地区建园。②选择耐寒品种及砧木。如浙江的枇杷品种中，以洛阳青最不容易受冻。砧木以江苏吴县市的石楠较为抗冻。③重施采果肥，干旱时灌溉，增强树势，提高花芽质量，适当推迟花期。所施肥料的磷钾比例要合理，特别在秋冬季氮肥的比重不可太大。在10月份追施钾肥的，幼果胚细胞浓度加大，耐寒性增加。但钾肥不可过量，否则果肉变硬，推迟着色。④叶面施肥能增强抗寒力及坐果率。幼果初期每20天左右喷施一次氮、磷、钾肥，花期喷洒0.1%-0.15%硼砂液，提高坐果率。⑤地面覆盖，增温保湿。覆盖材料可采用地膜、干草、土杂肥或土壤。秋末冬初雨后浅中耕，并覆盖地膜。用干草（包括稿秆、杂草等）覆盖的，厚度为15-20厘米，范围应超过树冠滴水线外30厘米左右。如覆草时间长，事先每株应增施尿素0.1-0.25千克以供给微生物分解有机物，防止脱氮。风大的地方，在覆草上点压少量土，避免草被风刮走。同时，还要注意防止火灾。⑥熏烟。当气温下降到-2℃时，各个果园一起点火熏烟，可提高温度2℃左右。熏烟材料可用作物稿秆及草皮泥，每堆250-300千克，如再加上0.25千克氯化铵，发烟效果更好。每667平方米果园放5-6堆。⑦用塑料薄膜大棚防寒。据浙江农业大学刘权等在浙江宁海县试验，大棚用竹架，参照钢架大棚做拱，上盖薄膜，高出树冠30厘米，个别枝条太高的可剪短。棚内地面覆盖地膜，走道处在地膜上覆草或土。在气温10℃左右的晴天中午前后，开门通风换气，下午及早关闭。
