腐烂病该病是苹果树最重要的枝干病害，于10月在皮层上形成坏死斑，冬季缓缓扩展，第二年春季有一部分可能扩展为腐烂病斑。斑内外的病菌成为翌年发病的菌源。在11月全园喷1次40%福美胂100倍液，可杀死坏死斑中的病菌，大减轻翌年的病害。
轮纹病该病是苹果最重要的果实及枝干病害，富士品种受害尤其严重。枝干上的轮纹病病斑内外可潜伏病菌，是翌年果实受害的重要病菌来源，冬春季节要抓住时机，加以防治。
干腐病枝干的干腐病、各种枯枝上的干腐病菌，也是翌年果实发病的重要病菌来源，落叶后搞好果园卫生，十分重要。
炭疽病该病是部分果园的重要果实病害。病菌主要在枯枝、衰弱枝上越冬；也可在果园周围的刺槐枝上越冬；树上及落地病僵果上的病菌也可越冬。有该病发生的果园要抓紧清理。
青霉病贮运期的主要烂果病。病果软烂多汁且有强烈霉味，病斑上长满青绿色霉层。后期病果失水干缩，仅留一团果皮。该病是贮运期病害，主要危害受伤果；该病在贮藏温度较高（10℃以上）时可能扩展蔓延，造成严重损失。伤果不入窖和低温贮藏是防治的关键措施。
痘斑病和苦痘病采收前可发生，贮藏期也可发生。以皮孔为中心形成圆形黑色坏死斑，病斑外略显红晕，破坏外观质量但不导致烂果。痘斑病病斑直径不超过2毫米，深度不超过1毫米；苦痘病斑较大，一般2～5毫米，有时超过5毫米，深度超过2毫米。两种病害均因果实缺钙造成，采收后用1%的硝酸钙溶液浸果可控制发生。
褐斑病是重要的叶部病害，导致果期落叶。病菌只能在带病落叶上越冬，及时清扫落叶并掩埋或烧毁，可减轻翌年发病。
