1、定干过低。脐橙由于单果大而重，定干过低容易使果下垂拖地，影响外观，甚至烂果。另外还影响施肥、锄草等农事的操作。赣南脐橙种植普遍实行的是矮化、密植、早结丰产技术措施。定干过低还影响树冠内部的通透性，滋生病虫，如脚腐病，低温特殊年份还会加重冻害。一般生产上实行40至50厘米定干，主干不低于30厘米为适宜。
2、种植过深。由于种植过深，根颈长期被泥土深埋，主干容易被星天牛为害；对定干过低的脐橙，由于树冠内部高温高湿，易造成脚腐病的发生，导致整株树枯死。
3、徒长枝的处理。脐橙单果大，树体负荷重，树冠易下垂向外扩张。生长季节，特别是在每次抽梢老熟后，在主干、主枝弯曲处及树冠内膛直立枝上极易抽生徒长枝，应及时将其从抽生的基部剪除，剪口要平整，不能用手掰，否则易形成瘤状突起，以后在其边缘更容易抽生徒长枝。
4、溃疡病的控制。溃疡病病菌借风、雨、昆虫和枝叶接触作近距离传播。脐橙是易感溃疡病的品种，对病枝、病叶、病果要及时剪除，集中烧毁或深埋，并适时喷药。枝梢喷药的最佳时期是在幼嫩组织开始转绿时期，选择有效药剂连喷2至3次。特别注意的是在雨天、雾大时应避免到病园操作，以减少交叉传染。
5、枝天牛的处理。枝天牛为害接近老熟的新梢。如不及时剪除，幼虫会往下蛀食，直至主干，导致树势早衰，枝条枯死，甚至整株死亡。赣南气候条件下，枝天牛为害一般出现在5月、7月、9月，即春、夏、秋梢老熟季节。
