1.品种的差异。以中晚熟品种发生较重，早中熟品种发生较轻。
2.生育期间的旱、涝灾害是造成高秕率的关键因素。大豆花荚期降雨量以180毫米为最佳。在大豆花荚期，涝害比干旱危害更大，尤其是内涝灾害，空秕率、倒伏率均高。另外，如果播种期干旱，就推迟播种，使出苗期延后，减少大豆生育期间能量的积累，也会造成大豆空秕粒。而后期如遇低温，影响大豆灌浆速度，同样会造成较高的空秕率。
3.土壤缺硼和钼是形成高空秕率的另一主要原因。硼和钼是大豆发育必需的微量元素，与荚果形成关系密切。如土壤耕作层硼和钼的含量低，种植大豆时不追肥，势必增加大豆的空秕率。特别是重茬种植大豆，单株空秕率逐年增加。目前还存在施肥深度浅，种肥同床、同位，肥料利用率低等现象，影响大豆产量的提高。
