甜玉米含糖量高，病虫害较为严重。病害以大、小斑病、纹枯病较为常见，其防治措施除选用抗病品种外，用卫福农药拌种(300毫升农药加水拌l00公斤种子)，能够有效地防治和延缓病害发生。苗期虫害有蝼蛄、粘虫等，可用1200-l500倍杀虫双或1200-1500倍敌百虫浇灌土壤，或用米乐尔混细沙撒施株间进行防治。生长中后期，玉米螟、粘虫、蚜虫为害严重，可用BT乳剂、敌百虫、杀虫双等进行防治，但应注意使用时期及用量，以免对青苞造成农药污染。
甜玉米主要生长在高温多雨季节，除草是一项不可忽略的措施。通常利用化学除草剂阿特拉津与拉索进行除草。方法是每亩用40%阿特拉津100克加48%拉索150毫升，使用时兑水30公斤―50公斤，手播种后地面喷药，喷药时应土壤墒情良好，以保证药效的发挥。
