水稻旱秧的苗床是经过认真而严格培肥的。其供肥总量能够充分满足旱秧生长所需的肥料量，并且养分全面，速效肥料含量高。但是，由于苗床土壤处于相对于旱或半干旱状态，所以，养分的移动性差，导致根系吸肥不足，变相缺肥；其次，由于旱秧体内流动自由水较少，蒸腾较弱，导致肥料营养要素在体内运输和分配不畅也能造成变相缺肥。
在培育小苗情况下，由于3叶期前其营养由胚乳供给，转入自养后，地上部叶片、茎的生长较缓慢，叶面积增长较小，所需营养物质较少，而此时的地下根系，无论从根长，还是根重上，均相对处于优势地位，其吸收的肥料能够满足旱秧的正常生长发育，故无需追肥，但随着叶龄的增加，地上茎、叶、蘖的生长量不断增加，所需营养元素的日增量也不断增加，肥料供应相对不足，营养缺乏的矛盾就暴露出来，在培育中苗或大苗时，往往出现旱秧落黄脱力的症状，故必须适时适量追施肥料。
肥旱秧与湿润秧不同，在追肥时应注意以下三点：
(1)旱秧的叶色一般比较深绿，缺肥初期不易察觉，当叶片出现落黄时，表明缺肥程度比同叶色的湿润秧为重；
(2)旱秧使用肥料种类应考虑到苗床干燥的特点，以选用优质尿素为最佳，不能施易挥发性的其他肥料，同时，也不能直接撒施，应采用肥水喷浇的方式，防止因肥料浓度过高而灼伤叶片或烧苗；若采用化肥直接撒施，必须于撒施后立即喷水淋洗；
(3)旱秧缺肥是由缺水引起的，所以在追肥时，一次用肥不宜过多，宜用1%～2%的尿素液喷浇，以避免烧苗，又能使肥入士，提高肥效。但浇肥液与浇水一样，时间上要求掌握于傍晚追施，最好与补水同时进行；用肥量和用水量要严格控制，以防削弱旱育秧生理效应。
