生产上一般将浸种和消毒结合进行，主要方法有：
1、温汤浸种
先将种谷在冷水中浸24小时，然后在40～45℃的温水中浸5分钟，再移入54℃的温水中浸10分钟，以后将水温保持在15℃左右浸至吸水达饱和。温汤浸种可以杀死稻瘟病、恶苗病、干尖线虫病等病菌。
2、石灰水浸种
其杀菌的原理是石灰水与二氧化碳接触而在水中形成碳酸钙结晶薄膜，隔绝了空气，从而使种子上吸水萌发的病菌得不到空气而闷死。方法是50千克水加入0.5千克生石灰。先将石灰化开过滤，然后把种子放入石灰水内，水面应高出种子17～20厘米。在浸种过程中，注意不要搅动，以免弄破石灰水表面薄膜导致空气进入而影响杀菌效果。浸种时间因气温不同而有异。
3、强氯精浸种
强氯精300倍液浸种，先用清水预浸12小时，后用药水浸12小时，然后用清水洗净，再用清水浸至吸水达饱和。
4、401浸种
401是一种抗菌剂，以1：500～1000倍的401稀释液浸种2天，既能杀死稻瘟病和恶苗病的病菌，又能促进种子发芽。但注意401药剂对皮肤有强烈的刺激性，操作时应特别小心，401不能用铁器配药，否则药剂会分解失效。
5、福尔马林浸种
用福尔马林（即40％甲醛）0.5千克加水25千克配成50倍稀释液。先将种谷用清水预浸1～2天，再在稀释液中浸3小时，浸后用清水洗净，再用清水浸至吸水达饱和。
6、三环唑浸种
用20％的三环唑可湿性粉剂400克，加水50千克，配成0.16％的药液，浸种48小时，或用75％三环唑可湿性粉剂配成500倍液，浸种48小时后再催芽，对防治稻瘟病效果明显。7、专用浸种剂浸种
目前一些科研单位已研制出多种水稻浸种剂，—般这些浸种剂均是多功能的，既有消毒杀菌的功效，又有壮根健苗的作用，使用时应根据生产厂家的说明严格浸种时间、浓度等。
