水稻是自花授粉作物，品种遗传性比较稳定，但一个优良品种经过多年推广种植后，由于外界与人为因素影响，其优良整齐的群体会发生变化，从而使品种由纯变杂，品种由优变劣，抗逆性降低，产量下降，其主要混杂原因如下：
1、机械混杂。在水稻浸种催芽、播种、移栽、收获、脱粒、晒种、贮藏、运输等一系列生产流通过程中，人为疏忽，没有认真执行操作规程，都容易造成品种间甚至种间的混杂。其次前作和杂草种子的自然脱落，或者施用混有作物和杂草种子的未经充分腐熟的有机肥料都可造成机械混杂，直接降低了品种的纯度，影响到品种生长整齐度和丰产性。
2、生物学混杂。一般情况下，水稻的自然杂交率一般在4%左右，因此水稻优良品种多年种植不进行提纯复壮，由于与其它品种进行的自然杂交等自然因素都可使优良品种下代植株性状发生分离，杂株增多，品种退化。
3、环境条件不良与栽培管理不当。一个水稻优良品种的优良性状都是在一定的自然环境和栽培条件下形成的，即良种与良法要配套，良种才能充分发挥其增产潜力。如果不能保证一定的环境条件，优良品种由于自然选择使品种产生适应性变异，适应性强的个体往往丰产性较低，年复一年，适应性强的个体增加，就会导致品种逐步退化、变劣。
