水稻栽培中的育秧阶段是十分重要的，俗话说得好，苗好一半谷。为了适时培育壮秧，水稻育秧技术不断进步，多年采用的水育秧在北方已经很少应用，原来的湿润育秧和旱育秧也都有所变化。而现在群众应用的有薄膜育秧、工厂化育秧以及与机插相配套的秧盘育秧、干旱育秧等。不同育秧方式下，容易发生的病虫害种类也不一样。如水育秧田，无论在南方还是北方经常发生的都是烂秧，表现出烂种、烂芽、黑根、青枯和黄枯死苗等症状。烂秧又分为生理性和侵染性两种，前者是低温和寒流天气下长期淹水缺氧或盐碱所致。后者包括绵腐病和立枯病，由病菌（真菌）侵染所致。要控制这两种病害，除了上述加强管理促进秧苗生长外，发病初期还要及时用药。可浇洒敌克松、代森铵、浸种灵、甲霜灵锰锌等。
改用湿润育秧和旱育秧以后，不再发生烂秧和棉腐病，主要发生立枯病、恶苗病、青枯病，秧田后期可能发生苗稻瘟、胡麻斑病和地下害虫、灰飞虱、稻蓟马、二化螟等害虫。在这里重点介绍以下几种药剂。一是用氟虫腈（锐劲特）防虫。每亩用80％的锐劲特水分散粒剂2克加70％的艾美乐水分散粒剂2克（或5%锐劲特30～40毫升），对水15～30公斤，在水稻2叶1心期后，均匀喷施。如果在水稻移栽前5天，重喷1次，可达到“送嫁药”的效果，即可防治大田前期灰飞虱、稻蓟马、二化螟等害虫，兼治三化螟、稻象甲等。也可以选用48%毒死蜱、25%速灭威、20％啶虫脒、25%噻嗪酮或10%吡虫啉。二是用恶霉灵防病。恶霉灵是一种内吸性杀菌剂，同时又是一种土壤消毒剂。可以和种子干拌或湿拌，每公斤种子用原药1克（30%水剂3.3克）。也可以对秧田或苗床土壤及营养土消毒。做法是：先将原药用水稀释成3000倍药液（1克原药加3公斤水），在简塑盘育秧时，每盘用稀释液0.5公斤。秧田旱育、湿润育秧时，每平方米苗床用稀释液3公斤，可有效地控制立枯病，兼治恶苗病。秧田后期发生稻瘟病和纹枯病可用稻瘟灵、稻瘟净或三环唑防治。
最近几年，水稻条纹叶枯病十分猖獗。它是由灰飞虱传播的一种病毒病。在一些地区，水稻秧田期是灰飞虱迁飞和传毒的高峰期，水稻的最易感染期。由于感染病毒的植株在秧苗期并不一定表现症状，所以广大农户不重视秧田期的防治工作，移栽以后往往爆发成灾。我们提倡在条纹叶枯病常发区秧田用药防治。可以选用吡虫啉、锐劲特、异丙威等药剂，也建议农民朋友交替使用以上药剂，以防止产生抗性。