1、选择基地
有机稻米生产基地必须具备良好的生态环境，其温度适宜、阳光充足、雨量充足、土层深厚、有机质含量高、空气清新、水质纯净作为生产基地。同时要充分考虑相邻田块和周边环境对基地的影响。必须远离污染源，如：化工厂、水泥厂、磷肥厂等有污染的工厂企业。为确保基地符合有机稻米生产的基本条件，基地的周边环境（大气、土壤、水质）必须经国家环保总局有机食品发展中心指定部门监测。大气按照《环境空气质量标准 GB3095-1996》检测，土壤按照《土壤环境质量标准 GB15618-1995》检测，水质按照《农田灌溉水质标准 GB5084-92》检测。同时基地周边要有一定的防护措施，避免常规田块的农药、化肥和水流入或渗入有机田块。
2、转换期
有机稻米生产必须经过转换期，老稻田转换期不少于24个月，新开荒或撂荒多年的稻田地也要经过至少12个月的转换期才可进入有机稻米生产。转换期间不允许使用任何化学合成的化肥、农药、植物生长调节剂等物质。
3、品种选择
要求使用有机种子，在得不到认证的有机种子情况下（有机稻米生产的初级阶段）可使用未经禁用物质处理的正常种子。无论是有机种子还是常规种子必须选择适合当地土壤和气候特点对病虫害抗性强的优质品种。禁止使用任何转基因种子。
4、土壤培肥
有机稻米的施肥原则是：禁止使用一切人工合成化肥、植物生长调节剂和污水、污泥。必须创造农业生态系统良性养分循环条件，开发利用本地有机肥源，合理循环使用有机物质（经无害化处理）和商品有机肥、饼粕等，也可有限制地使用磷矿粉、褐煤、泥炭、风化煤作为辅助肥料。
有机肥：指大量动植物残体、排泄物等并经处理达到无害化。商品有机肥：指动植物残体、排泄物，不含添加剂、防腐剂的工业有机物、副产品加工制成的肥料。
5、病虫草害防治
采用农业自然手段对稻田的生态环境进行适当的管理，如：选用抗病品种、培肥土壤、人工除草等措施，行之有效地控制减少病虫草的危害，是有机稻米生产中对有害生物进行综合防治的基础。
虫害：人工捕杀和用植物性杀虫剂，允许在诱捕器中使用性诱剂。
病害：除选择抗病品种、加强田间管理外，允许有限制地使用石灰、波尔多液及其它含硫或含铜物质防治病害。
草害：采用人工除草和机械除草或采用秸秆覆盖除草。
禁止使用化学合成物质和转基因工程产品。
6、收获、加工、包装
适期收获，做到单收、单运、单脱粒、单存放（存放稻谷库房不与化肥、农药和其它有害物质同放）避免污染。加工稻米车间最好是专用车间，没有专用车间要严格清理后加工，严防污染和混杂。包装采用无污染的纸箱、草袋等包装，包装时不准使用防虫剂和防腐剂等化学物质。
