甜玉米主要病害有大、小叶斑病，锈病、丝黑穗病和黑粉病，除选用抗病或耐病品种外，可通过轮作、清除田间残留病株和改善通风透光来防治。选用65%的代森锌1000-1200倍液，每7-10天1次，连喷2-3次，可兼治玉米大、小斑病，且防治效果显著。玉米锈病是一种气流传播的大区域发生和流行的病害，在玉米上普通发生。发病初期要及时喷药防治，65%代森锌500倍液，50%代森铵水剂800-1000倍液，0.2波美度的石硫合剂，25%粉锈宁可湿性粉剂1000-1500倍液进行防治。
甜玉米的虫害主要是苗期的地下害虫、穗期的玉米螟。播种时可用50%辛硫磷800-1000倍淮喷洒播种沟，同时可防治蝼蛄、蛴螬、地老虎等害虫的为害。玉米螟最好采用Bt生物制剂及生物天敌等方法进行防治，在大喇叭口期接种赤眼蜂卵控制压米螟，严重时可用20%杀灭菊酯6000倍液防治。
