近几年，玉米秸秆还田做为持续性生产措施，逐步得到普及并产生了很好的经济效益，但由于部分农民对这一些问题，产生负效应，具体表现在部分秸秆还田后的麦田出现出苗率低、苗黄、苗弱，甚至死苗现象，不但不增产，反击减产，分析其原因主要有以下几个方面。
一、碳氮比失调秸秆本身碳氮比为65－85：1，而适宜微生物活动的碳氮比为25：1，秸秆还田后土壤中氮素不足，使得微生物与作物争夺氮素，结果秸征分解缓慢，麦苗因缺氮而黄化、苗弱，生长不良。
二、秸秆粉碎不符合要求有的地块粉碎后的秸秆过长，其长度大于10厘米，不利于耕翻，影响播种。
三、土壤大小孔隙比例不合理 秸秆还田后，使土壤变得过松、大孔隙过多，导致跑风，土壤与种子不能紧密接触，影响种子发芽生长，使小麦扎根不牢，甚至出现吊根。那么，怎样才能弥补以上缺陷，保证稳产、高产呢？
四、补施氮、磷、钾肥料秸秆还田后，增施速效氮肥，可降低土壤中的碳氮比，从而利于微生物的活动，满足幼苗生长对氮素的需要，秸秆分解加快，又可为小麦中后期生产提供各种养分。小麦对磷的营养临界期在三叶期，所以补磷可满足幼苗对磷的需要，同时为果实发育提高千粒重打下基础。钾的作用利于糖的合成运输，促进作物代谢。目前，高产土壤普遍存在着＂缺磷、少氮、钾不足＂的现象，按比例补施氮、磷、钾肥料，可满足小麦生长的需要，提高作物产量。其用量为每 667米2施碳铵15公斤，过磷酸钙25公斤，硫酸钾10公斤。
五、粉细深翻秸秆分碎长度宜小于10厘米，若采用普通型搂腿小麦播种机，播种时易壅土，影响播种质量，应采用与之配套的旋转式（转盘式）播种机，以提高播种质量。
六、适时镇压浇水小麦播种后，晾晒一天，用石磙镇压，使土壤密实，消除大孔洞，大小孔隙比例合理，种子与土壤紧密接触，利于发芽扎根，可避免小麦吊根现象。
七、消灭病原体带病的秸秆不能直接还田，否则夏季玉米易发生病害，这类秸秆应销毁或高温堆腐后再施用。
