小麦根部病害主要有根腐病、全蚀病、纹枯病。近几年来，一直危害较重，病田率几乎达100%，严重地块病株率达30%-50%。在韩店、孙镇等地，纹枯病病株率达50%-60%减产20%以上。农民普遍采用春季药剂喷雾防治，但效果不理想。几年来，我们进行了大量的试验、调查、研究，针对小麦根部病害发生特点，协调应用栽培、施肥、田管等技术措施，提高小麦自身的抗病性，优化种子处理技术，有重点地抓好春季防治，能够有效控制病害的发生。
农业措施
1.选用抗耐病品种:目前生产上还没有发现抗根病品种，但品种间抗性存在差异，据调查：昌乐5号、运辐早、豫麦14、百泉41、豫麦13、烟农15等6个属高抗品种；鲁麦1号、2号、15号、18号、山农18、掖选1号、太山1号、京花1号、郑州75、晋麦32、丰抗12、陕213等为中抗品种。因此，生产上因地制宜地选种抗耐病品种，对防病可起到良好的作用。
2.轮作倒茬:根病是土传病害，由于长期施行小麦——玉米一年两作制，导致病菌在土壤中大量积累，实行轮作倒茬能有效减轻病害的发生。
轮作方式应坚持1-2年换种一次非寄主作物。棉麦两熟轮作，小麦、玉米、花生两年三作制，小麦与蔬菜、绿肥等作物轮作均有良好的控制病害的效果。
3.增施有机肥:化肥的长期过量施用，导致土壤板结、透气性差。增施有机肥，可为小麦提供较全面的营养，发挥小麦植株抗病性，改善土壤理化特性，促进土壤微生物活动，增强微生物间的竞争性，可有效降低发病率。可亩用4500公斤以上充分腐熟的有机肥。
4.适期晚播:播种期的早晚显著影响病害的发生程度。据调查，播种越早，发病越重。播种越早，冬前有效积温愈高，植株群体加大，田间环境条件有利于病菌的生长和侵染，病菌侵染早，侵染期长，导致病情基数高。适期晚播，能减轻病害的发生。
5.精量播种:播种量对根病发生有明显影响。播种量大，小麦群体密度过高，通风透光条件差，有利于病菌的繁殖生长，合理控制播种量，建立合理群体，壮个体，改善田间生态环境，能控制病害发生。提倡精量播种。
6.合理施肥:保持N、P、K的适宜比例，对控制病害的发生尤为重要。N、P、K肥比例失调的田块，特别是施N过量和晚施N田块，麦株旺长，组织柔嫩，降低了植株的抗病性。土壤中缺P甚至过量施P能促进根系发育，适量施N有利于发挥P的作用。增施K肥不仅有增强抗病性，减轻病害发生的作用，而且土壤中缺K肥时，增施K肥还有提高N肥利用率的作用，明显促进生长和增产。增施Zn肥，能够调节土壤pH值，抑制病菌繁殖。
7.田间杂草:田间杂草危害严重的地块，不仅田间通风透光差，湿度大，有利于病菌滋生与繁殖以及病害的发生与蔓延，而且杂草与作物争肥争空间，田间郁蔽，造成植株长势差，抗逆性降低。据调查在相同栽培条件下，杂草密度为2.7株/m2的田块，纹枯病的病情指数为9.92，病茎率为3.51%，而杂草密度为26.4株/m2的田块，病情指数达29.22，病茎率高达50.63%。不论用人工或化学除草，都可以明显地减轻根病的发生程度，而且冬前除草效果显著好于春季除草。
8.田间排水:麦田排水的好坏，可直接影响发病的轻重。排水不良、地势低洼的麦田，土壤湿度大，病菌生长量大，麦子长势差，抗病力弱，发病严重；田间湿度低，不利于病菌的生长繁殖，麦子发育正常，发病轻。
化学防治
小麦根部病害的化学防治应以种子处理为重点，重病田要辅以田间接力喷药，才能有效控制病害的发生。
三唑类内吸杀菌剂拌种能有效控制冬前病害的危害，延缓并降低拔节期的发病高峰，药剂有效期一般可达4月上旬。三唑类杀菌剂有生长调节作用，拌种麦苗生长健壮，成穗数和千粒重显著增加，增产幅度可达10%-20%。三唑酮、三唑醇以种子重量0.03%的药量(有效成分)，烯唑醇以0.01%的药量(有效成分)进行拌种，另外，利克菌以0.1%的药量拌种都可有效控制病害。
三唑类杀菌剂拌种可能出现一些不良作用，主要是土壤墒情差时，用药量偏高，加上拌药不匀，会降低出苗率，并致使植株矮缩，茎根比失调。目前克服三唑类拌种不良影响的措施有：加入赤霉素能够抵消三唑类药剂的抑制作用，使用量为每千克种子混入85%赤霉素晶粉1-5毫克，减少三唑类用量与其它药剂混用，如将三唑酮拌种量减至0.02%，与井岗霉素、多菌灵或利克菌、增产菌等混用，既可保证小麦安全出苗，又可控病保产。
为了进一步压低病情，有效控制白穗率，提高保产效果，重病田除拌种外，还需进行喷药。25%三唑酮可湿性粉剂，亩用量为20-25克。据我们试验，秋季按种子量的0.15%粉锈宁+10克增产菌拌种，11月中旬、3月下旬和4月下旬分别用25克/亩(有效成分)+5克/亩增产菌喷雾，亩增产90公斤以上。还可用12.5%烯唑醇可湿性粉剂，亩用量40-80克等。另外，在纹枯病严重的地块，每亩喷用5%井岗霉素100-150毫升，兑水15-25公斤低量喷雾，效果尤佳。