一、把好水分关 麦种水分含量大，易发热，容易导致捂种、霉变，直接影响种子的发芽率和活力。因此在贮藏前要反复晾晒，使麦种水分含量达到安全贮藏的水分，小麦安全贮藏水分为13%以下。
二、把好温度关 温度是影响种子新陈代谢的主要因素，贮存的麦种不宜曝晒过度。切忌在水泥地面上晒种，因水泥地面温度太高，易将种子烧坏；贮存麦种的仓库温度最好保持在20℃以下。
三、把好纯度关 小麦良种要单收、单打、单晒、单独贮存。贮存时防止与其它种子混淆，要标上品种名称。要一个容器盛放一个品种，不能与普通麦子同存一处；晾晒时要单场单晒，不要与其他品种和普通麦子同晒一场，以防混杂。
四、把好湿度关 麦种在高温高湿环境中，增强了种子的呼吸作用，微生物极易在粮食堆内繁殖，引起麦种发热霉变，丧失种用能力。而麦种贮藏期，正值高温高湿多雨季节。因此，麦种要存放在干燥通风处，盛麦种的容器底部要用木板、石块等防潮物铺垫。在贮存过程中应经常晾晒，适时通风换气。
五、把好防鼠防虫关 农户贮存麦种数量不大，选用水泥缸，瓷缸贮藏，可起到防鼠防虫的作用。麦种晾晒后趁热贮藏，可减少虫害。防治老鼠、害虫，惟一的方法是采用药剂防治，其特效药是民用磷化铝，可防治玉米象（油子）、锯谷盗等粮食害虫，每200公斤麦种用药一片，用布包好放入种子内33厘米左右，密封7天即可杀死害虫。
六、把好存放关 麦种不能用塑料带贮藏，塑料袋不透气，妨碍种子呼吸，降低发芽率，同时多于的水分散发不出去，容易引起种子霉变；为防止烟火熏烤，导致种子泛色，水分减少，甚至发热，不能存放在厨房；不要与碳铵、尿素等氨态氮肥混存在一室，由于这期间温度高，湿度大，这些氨态氮肥挥发性极强，挥发的氨气会腐蚀种子细胞和种胚，严重影响发芽率和种子活力。