油菜菌核病从苗期到成熟期都可发生，虽以开花后期至结荚期发生最为严重，但早期预防对控制病害的发生极为关键。
开春后雨水增多，油菜田间荫蔽度加大，如果排水不良，湿度增高，会诱发菌核病的发生。因此要特别注意做好清沟排水工作，保证畦沟无积水，降低田间湿度，抑制病害发生。
早春油菜适时适量施用春肥，有利于加快油菜生长发育，促进油菜春发。但不能偏施重施氮肥，应增施磷钾肥料，促使油菜茎秆坚硬，增强植株对病菌的抵抗能力。
油菜进入薹期，及时摘除基部黄叶，可改善田间通风透光条件，切断病叶上菌丝体向茎秆再侵染的途径，减少病害发生。摘黄叶时不要损伤油菜茎秆表皮，否则病菌会从伤口侵入，加重菌核病发生。摘黄叶的时间宜在初花期前，摘下的黄叶应集中起来带出田外沤肥或用作饲料，切忌遗留在田内，否则会引发病害传播。
对付油菜菌核病，农药防治不可少。用药适期为初花至盛花期。试验表明：25%扑海因悬浮剂每亩50克，对水50公斤喷施，防效在90%以上；50%速克灵可湿性粉剂每亩20-25克，对水50公斤喷施，防效在85%以上；50%多菌灵可湿性粉剂每亩100克，对水50公斤喷施，防效在80%左右。对于发病较重的田块，应每隔7-10天防治一次，连续用药两次以上。
