将种子装入透水性好、结实、耐用、干净的塑料编制袋中，因种子吸水后膨胀，所以不要装得太满，一般每袋装15～20公斤。将装有种子的袋子用绳子吊入正常产气的沼气池出料间中部的沼液中，在出料口上放一根木棍，将绳子另一端系在木棍中部，使袋子悬吊在固定的位置。浸种时间一般为12小时。浸种处理后提出种子袋，沥干沼液，将种子取出用清水洗净，摊开晾干后待播。
选好种子
小麦全蚀病、赤霉病、黑穗病发生重的地块，由于小麦种子表面带有一定的菌源，所收小麦严禁留种。另外节节麦、野燕麦是近两年来在部分麦田发生的恶性杂草。由于其繁殖力强，成熟易脱落，难以防除，有些已混杂在麦子里，因此也不能留做种子。
