棉花苗期病害主要有根病和叶病两大类。
1.根病类
苗期根病发生在子叶期至２片真叶期，由于根茎过于幼嫩抗病能力弱，易遭受病菌侵染而腐烂，通常称作烂根。最常见的根病有3种：
⑴立枯病 嫩茎基部靠近地面处出现淡黄色病斑，病斑在基部围绕嫩茎发展，颜色逐渐发深，形成黑褐色病斑而腐烂，致使幼苗直立枯死而不倒。
⑵炭疽病 病苗在根茎交界处出现红褐色条斑，组织硬化、凹陷、开裂，严重时病部变褐，湿度大时病斑上有红色黏稠胶状物，幼苗干枯不长，或死苗。
⑶红腐病 又叫烂根病，芽苗出土前就开始发病，棉籽虽已发芽，但幼芽变为黄褐色，腐烂死亡。子叶期发病，根尖从黄变褐，而后根全部变为黄褐色，嫩茎和根变肥、肿大，有分段的黄褐色病斑，逐渐变黑褐色、干腐而死。
2.叶病类
苗期叶病发生在幼苗的子叶上或真叶上。主要有以下4种：
⑴黑斑病。由几种病原菌混合为害引起，主要发生在子叶上。病苗子叶上出现很多黑色病斑，病斑周围有紫红色晕圈，病斑近圆形或不不规则形，引起子叶枯焦。叶柄上出现黄褐色病斑，围绕叶柄发展，形成环状斑，致使叶片脱落。
⑵茎枯病。从棉苗后期到成株期均能发生，为害叶片和嫩梢。叶片上病斑呈淡褐色，近圆形，边缘紫红色，斑内可见一些小黑点（病斑的孢子器）。嫩梢上及叶柄上为褐色梭形，可引起嫩稍枯死，叶柄及叶片脱落。
⑶角斑病。是细菌性病害，发生在子叶、真叶及嫩茎上，病斑最初呈水渍状，后变黑褐色，在真叶上，因受叶脉限制而呈多角形，有时病斑沿叶脉发展呈长条弯曲状。子叶上病斑沿叶柄发展可侵染到子叶节。嫩茎上的病斑呈黑绿色，发展成黑褐色条。
⑷苗期枯萎病。从子叶期即可发生，定苗前后达到高峰。病苗叶片上出现褪色斑，斑内的微细叶脉变黄，呈黄色网状纹，也有子叶变紫红色，出现紫色网状纹。病苗根茎外表无症状，但茎内的木质部呈褐色条纹，最后病苗萎蔫枯死。
棉花苗期病害是多种病原菌的复合侵染性病害，有时从症状上很难区别，只有分离其病菌才能确诊。棉花苗期病害要以防为主，培育壮苗早发、消灭种子和土壤中的病原，控制病害发生。其技术措施为：首先精选种子，播前在阳光下晒晾种子，提高酶的活性。第二要消灭种子带菌，采用“三开一凉“温水（55℃-60℃)浸种半小时。用杀菌剂拌种，消灭种子表面病菌。常用的杀菌剂有70%五氯硝基苯，50%多菌灵，70%代森锰锌，70%托布津以及20%甲基立枯磷等。一般按有效成分计算，用干种子量的0.5%左右与温水浸过的棉籽（晾至绒毛微白后）拌匀后播。或直接用处理种子的复配剂（种衣剂、保苗剂、拌种剂），均有较好的防效。第三适期播种，当5厘米地温稳定在15℃时,足墒播种。播后遇雨，天晴后及时中耕破除板结，增温保墒。尽量减少种子在土壤中的萌芽时间，促使根部早日木质化，减少感病机会。出苗后，叶部病害发生时，可喷洒50%多菌灵800倍液，或70%甲基托布津1000倍液。
