棉花苗期病害的发生主要受温度、湿度、品种、栽培方式、水肥条件等因素的影响。因此，应从这几个方面着手来预防棉花苗期病害：
1.轮作深耕：尽可能与其他作物实行3年以上轮作倒茬。冬季深耕、冻垡、冬灌、施肥，早春精细整地。
2.严格选种：播种前要进行精细选种，剔除烂籽、虫籽、秕籽、杂籽等。
3.种子处理：
（1）温汤浸种：将种子倒入70℃的温水上下搅动，保持水温55℃～60℃浸种30分钟后，捞出晾至绒毛发白即可播种。
（2）药剂拌种：先将种子浸湿，捞出晾至绒毛发白，然后按种子∶草灰∶多菌灵100∶10∶0.5的比例拌种。方法是药灰充分混匀后拌入棉籽，用木锨充分搓拌，使药灰均匀地附着在种子表面，也可用75%五氯硝基苯按种子量0.5%拌种，667平方米也可加入增产菌10kg。
（3）药剂浸种：667平方米用40%抗枯宁20ml加水10kg，浸种8小时～12小时，捞出清洗1次，晾干后播种。
4.适时播种：棉花播种期应在不违反农时的前提下，根据气候、土壤条件及间套作物的荫蔽程度来确定，具体日期最好以播种层（50m土层）土温稳定通过14℃时为适期。若营养钵育苗，提早1个月播种，对减轻苗病有很好的作用。棉花的适宜播种深度为4cm～5cm。但应看天气和墒情灵活掌握，无风天气、墒足可浅些，反之应深些。在干旱易刮风的地区，播后覆土时于棉行起壅小埂，有利于保墒、防下雨板结和助苗出土。
5.中耕松土：早中耕，勤中耕，提高地温，促苗健壮，增强抗病能力。
6.喷药保护：出苗后，用1∶1∶200波尔多液或50%退菌特800倍～1000倍液喷雾；或用40%抗枯宁20ml加水15kg田间喷雾。一般苗期喷2次～4次，间隔7天。或在发病初期用50%多菌灵或70%托布津1000倍液喷雾。
