立枯病又称烂根、黑根病，是棉花苗期的主要病害，南、北方棉区均有发生，可造成缺苗断垄，重病年大量死苗，造成毁种。棉花立枯病由立枯丝核菌引起。立枯病主要是寄生生活，也可腐生。病菌以菌丝体或菌核在土壤中或病残体上越冬，在土壤中形成的菌核可存活数月至几年。立枯丝核菌可抵抗高温、冷冻、干旱等不良环境条件，适应性很强，一般能存活数年，且耐酸碱，在pH值2.4～9.2范围内均可生长。因此，该菌的寄主范围极其广泛，分布很广。
1 田间表现 立枯病的初次侵染主要来自土壤，带菌种子也可传染。棉苗未出土前，立枯丝核菌可侵染幼根和幼芽，造成烂种和烂芽。棉苗子叶期最易感病，棉苗出土的1个月内如果土壤温度持续在15℃左右，甚至遇到寒流或低温多雨，立枯病就会严重发生，造成大片死苗。若收花前低温多雨，棉铃受害，病菌还可侵入种子内部，成为下一年的初次侵染来源。多雨的年份，现蕾开花期的棉株也能发生，茎基部出现黑褐色病斑，表皮腐烂后，露出里面的条条木质纤维，严重的折断而死，发过病的部位有时成瘤状。播种过早，气温偏低，棉花萌发出苗慢，病菌侵染时间长，发病重。多年连作棉田发病重。地势低洼、排水不良和土质黏重的棉田发病较重。
2 防治方法 棉苗病害种类多，往往混合发生，因此对棉花苗期病害防治应采取以农业防治为主、棉种处理与及时喷药防治为辅的综合防治措施。
2.1 棉种处理 播种前必须精选高质量棉种，经硫酸脱绒，以消灭表面的各种病菌，汰除小籽、瘪粒、杂籽及虫蛀籽，再进行晒种30～60小时，以提高种子发芽率及发芽势，增强棉苗抗病力。
2.2 如强耕作栽培管理
合理轮作 与禾本科作物轮作3～5年，能减少土壤中病原菌积累，可减轻发病；深耕改土，将棉田内的枯枝落叶等连同病菌和害虫一起翻入土壤下层，对防治苗期病害有一定的作用。
适期播种、育苗移栽 在不误农时的前提下，适期播种，可减轻发病。
施足基肥、合理追肥 棉田增施有机肥，促进棉苗生长健壮，提高抗病力，能抑制病原菌浸染棉苗。
加强田问管理 出苗后应早中耕，一般在出苗70%左右要进行中耕松土，以提高土温，降低土湿，使土壤疏松，通气良好，有利于棉苗根系发育，抑制根部发病。阴雨天多时，及时开沟排水防渍。加强治虫，及时间苗、将病苗、死苗集中烧毁，以减少田问病菌传染。
3 药剂防治 出苗后，如果遇到低温多雨天气，有暴发苗病的可能时及时喷药保护，一般在出苗80%左右应进行喷药，可用50%甲基托布津或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液、70%百菌清可湿性粉剂600～800倍液喷雾，或用立枯净800～1000倍液灌根或喷雾。
