一、枯黄萎病
棉花枯萎病和黄萎病在我国所有棉区都有发生，在不倒茬、不轮作棉田呈逐年加重发生趋势。该病由带菌棉籽、棉籽壳、病株残枝落叶等传播。病菌留存于土壤中，在棉苗生长期通过幼根或根须伤口侵入棉株，全株受害，致使棉株矮缩、叶片萎蔫枯干脱落。枯萎病发病高峰期在6月下旬至7月上旬棉花现蕾期，黄萎病发病高峰期在8月花铃期。如果7～8月阴雨天多，低温寡照，枯黄萎病就会偏重发生。两病往往同株混生，且没有根治的办法，所以俗称为棉花“癌症”。
棉花枯黄萎病虽然不能根除，但采取以下措施可以减轻病害，减少损失。
1.倒茬轮作。对多年种植棉花且发病重的田块，南方有条件的地区轮作水稻2年，可以使土壤中病原菌基本灭绝；北方轮作小麦、玉米3年，可以使土中病原菌显著减少。但茄子、辣椒、瓜类、番茄、马铃薯、芝麻、花生、向日葵、甜菜、菜豆、绿豆、亚麻、烟草等作物也感染枯黄萎病，不宜与棉花轮作。
2.种植高抗病品种。欣抗4号、国欣棉1号、国欣棉3号、国欣棉6号、国抗99-1、国抗杂1号、国欣4号等品种，对枯黄萎病感染很轻。
3.深翻土地，多施有机肥和磷钾肥。深耕土地，将枯枝落叶、烂铃等翻埋到土壤深层，可促使病残体分解腐烂。试验证明，增施有机肥和磷钾肥比偏施氮肥发病率低。
4.补充营养，排涝中耕。在棉苗染病前和染病初期喷施叶面肥增强营养，可提高棉株抗病能力。遇大雨及时排涝，雨后中耕松土，能减轻枯黄萎病的发生。
二、棉花烂铃
棉区每年8月中下旬至9月中旬遇到连绵阴雨，常烂掉不少棉铃，造成棉花减产。如何预防棉花烂铃是不少棉农急需探求解决的又一个难题。
棉铃有很强的抵抗力，没有虫子为害穿孔不会烂铃。棉铃在生长40天以后接近成熟，停止生长，铃壳需要脱水、干皮开裂。这期间遇到雨水和高温高湿，停止生长的棉铃已无抵抗能力，各种病菌会侵染铃壳，引发烂铃。在推广种植地膜棉以前，黄河流域棉区伏前桃结得很少，所以烂铃不会很多。自从推广地膜棉以后，棉苗早发，生育期提早10～15天，一株棉花伏前桃多达7～8个，所以烂铃多，减产幅度大。同时，伏前桃多了，中部的伏桃就结得少，这样的结果是下部烂、中部空，得不偿失。所以，在我国南北棉区不要或少要伏前桃，让棉铃成熟期避开8月下旬到9月中旬容易引发烂铃的时期，是最好的预防办法。
防止烂铃还有其他办法，如推株并垄、打去下部老叶、喷施杀菌剂、及时采摘初烂铃晾晒等。但这些办法都是在棉田即将发生烂铃或已经发生烂铃时采取的被动办法，效果往往不理想，不如在6月中下旬去早蕾或7月上旬去早花、早铃主动高效。
另外，在常规情况下，棉株第三台果枝以下烂铃数较多，即便不烂，也因挨近地面光照不足、热湿气蒸腾而吐絮不好，形成质量很差的“根子花”、“僵瓣花”。所以主动去掉早发棉株下部的两台果枝有百利而无一害。
三、盲椿象
盲椿象俗称小臭虫，为害棉田较重的有绿盲椿象、中黑盲椿象、苜蓿盲椿象等6种。它们以刺吸式口器吸食棉花植株各部位幼嫩组织的汁液，使棉株受害形成“无头苗”、“破头疯”、“破叶疯”、“扫帚棉”，幼蕾受害变黑脱落，中蕾受害苞叶张开脱落，幼铃受害畸形生长或者僵化脱落。盲椿象喜温喜湿，雨水多的年份发生严重，棉花整个生育期都受为害。
1.农业防治。枣棉间作、瓜棉套作的棉田受害严重。棉田生长中后期如果密度大，施氮过多，枝多叶嫩密不透风，不但容易招引盲椿象，而且不利于喷透农药防治。适当稀植，不过量施氮肥，合理化控，可以降低盲椿象为害。后期受盲椿象为害严重的棉田叶片破碎、嫩芽丛生、上半部无桃，比后期灭除盲椿象的棉田产量减少50%以上。所以棉田后期要及时去掉嫩枝、赘芽，以防招引盲椿象为害。
2.药剂防治。选用克蛉蝽等专用农药。喷药时间选在上午10时前或下午4时后盲椿象活动期。盲椿象迁入棉田后，先为害嫩尖、嫩叶。最明显的特征是在嫩尖、嫩叶上出现黑点，这是用药防治的关键时期。尤其是枣棉间作、瓜棉套作和8～9月生长旺密的棉田，必须在盲椿象发生期及时喷药，连续喷药，喷匀喷透，直至把盲椿象压低到百株残虫5头以下。
