棉花种子的优劣主要是根据籽棉的纤维长度、纤维整齐度和杂籽百分率来判断。
(1)纤维平均长度取籽棉50瓤，每瓤取中间籽棉一粒，用左右分梳法测量每粒籽棉的纤维长度，以毫米为单位，求出纤维平均长度。将此长度与该品种标准长度进行比较。如与标准长度不符，则种子的真实性有问题或纯度较差。
(2)纤维整齐度常用纤维长度区分法表示，计算公式如下：
纤维平均长度±2毫米以内籽棉粒百分数
纤维平均长度±2毫米以内籽棉粒数÷测定棉籽粒数×100%
凡纤维平均长度±2毫米以内籽棉粒百分数在90%以上者表示纤维整齐，纯度好；80%～90%者表示整齐度较差，纯度也不高；80%以下者为不整齐，纯度很差。
(3)杂籽百分率一般陆地棉的棉籽为灰色或白色，籽粒为锥形。如棉籽颜色、形状、大小有改变，表示品种退化或与原品种有差异，可列为杂籽。杂籽主要包括绿色籽(日晒后呈棕色)、稀毛籽、稀毛绿籽、光籽。至于多毛大白籽、畸形籽、小籽则不列为杂籽。从样品中或种子包装内随机取棉籽500粒，逐粒仔细观察比较，区分出上述杂籽，计算杂籽百分率。
杂籽百分率＝杂籽数÷检查棉籽数×100%
棉籽纯度＝100%－杂籽百分率
