症状 又称黑斑病。主要发生在1-2片真叶期，为害子叶和真叶。子叶染病 主要在未展开的粘结处或夹壳损伤处生出墨绿色霉层。子叶展平后染病，初生红褐色小圆斑，后扩展成不规则形至近圆形褐色斑，有的现不明显的轮纹。湿度大时，病斑上长出墨绿色霉层，严重的每张叶片上病斑多至数十个，造成子叶枯焦脱落。真叶染病 与子叶上症状相似，但病斑较大，四周有紫红色病变。受伤时染病，病斑形状不规则，枯斑四周不见紫红色边缘。幼苗茎部或叶柄染病 产生长椭圆形褐色凹陷斑，造成叶片凋落，苗子干枯而死。
病原 Alternaria macrospora Zimm.称大孢链格孢，A. tenuissima Wiltsh称细极链格孢及A. gossypina (Thum.) Hopk称棉链格孢，均属半知菌亚门真菌。其致病力不同，大链格包致病力强，能直接侵入，在子叶或真叶上产生较大轮纹斑。该菌分生孢子梗多单生或4-9根成束，略弯曲，基部膨大，浅褐色至暗褐色。分生孢子倒棍棒状，黄褐色或深褐色，具6-10个横隔、3-30个纵隔。链格孢致病力弱，常与其他寄生菌混合侵染或在有伤口时才能侵入。分生孢子梗分枝较少，榄褐色，分生孢子棒状，串生，横隔1-9个，纵隔0-6个。病菌生长适温27-30℃，高于37℃、低于0℃均不能生长。在棉田气温27-33℃发病，25℃最适，湿度高时易侵入，适应pH2-10，其中pH5最适。
传播途径和发病条件 病菌以菌丝体和分生孢子在病叶、病茎上或棉籽的短绒上越冬，棉籽带菌率高达47.5%-84%，尤其种壳上最多，胚乳也带菌。棉籽播种后病叶及棉籽上的分生孢子借气流或雨水溅射传播，从伤口或直接侵入。早春气温低、湿度高易发病。当气温从20℃突然下降至6-10℃，又有降雨，相对湿度高于75%，就能普遍发病。棉花生长后期，植株衰弱，遇有秋雨连绵也会出现发病高峰。
防治方法 (1)棉田要精细整地，种子要精选，提高播种质量。(2)提倡采用地膜覆盖，可提高苗期地温减少发病。(3)药剂拌种。用种子重量065%的50%多菌灵可湿性粉剂或40%拌种双可湿性粉剂拌种。也可用061%多菌灵溶液浸种。还可用呋喃丹与50%多菌灵按1∶0.5的重量配比，加入少量聚乙烯醇粘着剂，配成棉籽种衣剂，用棉籽重量1%的种衣剂处理制的堆肥。勤中耕，及时整枝摘叶，雨后及时排水，防止湿气滞留，可减少发病。(5)发病初期及时喷洒70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液或75%百菌清悬浮剂500倍液、80%喷克可湿性粉剂600倍液、50%石硫合剂400倍液。
