湿度检查入冬以后，水分在11%以下，每隔5天至10天检查1次。12%以下则应每天检查。湿度检查应在仓内的不同方位、不同层次定时定点进行。
通风必须根据仓库内外的温度和相对湿度而定。当外界温、湿度均低于仓内时，是通风的最佳时机，此时通风既可降温又可排湿；当仓外温度与仓内温度相同、而仓外湿度低于仓内或仓内外湿度基本相同，或仓外温度低于仓内时，也可以通风，前者以散湿为主，后者以降温为主。
定期检测棉花种子质量棉花种子贮藏期间要定期检查棉花种子质量，以便及时了解棉花种子的贮藏情况，检测通常包括棉花种子发芽率试验、水分测定、游离脂肪酸测定，如发现问题应及时解决。
防火棉子有短绒，本身含油量又高，遇到火种就容易引起燃烧。所以要严禁火种接近棉花种子仓，仓库周围也不要堆放易燃品。
