在选留棉种时，要选择品种纯度高的地块、无病虫害的棉株，要在地中央选择伏桃，选择完熟的“干花”。另外还应注意以下几点：
不要选杂交棉品种 在当前的科技水平下，杂交棉品种F2代的分离现象十分严重，应避免留种。
不要选伏前桃和晚秋桃 伏前桃和晚秋桃生长发育不良，成熟度差，铃重轻，种子发芽率低，长势弱，应避免留种。
不要选“剥桃”的棉籽 有些棉农对发育较为充分的伏桃，仍然有“剥裂嘴桃摘湿花”的陋习，由于这样的伏桃没有充分成熟，更没有完成后熟，绝对不能留种。
不要选退化严重的棉花品种 棉花是常异花授粉作物，异交率在3%～20%，抗虫棉品种在经过几年的连续繁殖过程中，如果不加以提纯复壮，常会因昆虫传粉而造成生物学混杂。因此，对纯度不高、品种退化严重的地块应避免留种。
不要选病虫害严重的棉株 枯萎病、黄萎病是制约棉花产量的顽症，棉籽又是病菌的载体，病菌可以随着棉籽迅速传播。因此，对感染枯萎病、黄萎病的棉株和抗虫性弱的棉株一定要淘汰。而在重病地表现良好的棉株则可以留种。
不要选在水泥地面上晒过的棉籽 在水泥地面上晒含水量较高的棉籽，会使部分棉籽形成“哑子”，失去发芽能力。
不要选与农药、化肥一起存放的棉籽 有些农户将棉籽与农药、化肥长期存放在一起，由于通气不良，农药、化肥散发的有毒气体会损伤棉籽，造成棉籽发芽率锐减。