每年在棉花生产上最易引起纠纷的问题之一，就是棉种发芽率的高低。发芽率达到或者超过80%的，农民朋友就很赞赏。为什么有些棉种的发芽率不高呢？一是有些制种的棉田偏施了氮素肥料，棉花个体营养生长较旺，棉田荫蔽较大，棉花吐絮不畅，棉种成熟度较差；二是在制种的大田，采收了尚未完全成熟的带壳棉桃，带回家中剥出棉花。这是棉种发芽率不高的主要原因。当然，除此以外，还有一些人为因素影响棉种的发芽率，一是收购部门收了些含水量较大的“人情花”，棉种的含水量也相对较高；二是作种用的棉花没有严格分级收花，有些等外级的嫩籽棉花也入了仓库；三是棉种剥绒时，破籽率超标；四是包衣棉种中残酸量较高。
据了解，有些农民喜欢偏施氮素肥料，一是施用氮素肥料后，棉花生育速度较快；二是氮素肥料比较便宜；三是认为棉花营养株体大产量就会高。又据调查，农民采收剥桃花的理由，一是怕别人在田间偷摘棉花；二是白天摘花温度高，体力消耗大，把棉桃带壳摘回家，温度低，全家都可帮忙剥花；三是剥桃花水分含量高一些，可以多卖湿花，以少卖多。
不良种子花比重的增加，已经形成了对棉种质量和纤维品质的一大公害。据有关科研部门测定，完熟的棉花种子发芽率为95．5%，成熟的棉种发芽率为92%，半成熟的棉种发芽率为63%，未成熟的棉种发芽率只有14%。同时，不良种子花的纤维品级、长度、强度、转曲度等质量指标，比成熟的棉花纤维大为下降。因此，一定要将不良种子花拒之于种子花的收购之外。
棉种质量的好坏，事关棉花生产全局，选准用好优良的棉种，可为棉花高产打下良好的基础。为提高种子花的收购质量，各地应采取一些严厉有效的激励措施。
首先，要界定优良品种范围，制定良种优惠价格政策。无论杂交棉制种或者常规棉制种，一要选定采收棉花良种的村组、面积；二要明确良种收购数量；三要提高优良优质品种的价格含金量，调动农民交售优质种花的积极性。
其次，要选择稳健生长棉株，选摘中期大朵种花。避免在偏施氮肥、荫蔽较大的棉田选种。要总结偏施氮肥的教训，搞好配方施肥，增施有机肥和钾肥，提高种花质量。
第三，要严格分级收花，拒收剥桃花作种花。坚持收购4级以上高纯度的干籽花作种，拒收含水量高的“人情花”作种。等外花、秋后花只能作商品花收购，决不能作种花使用。
第四，要严把加工种花质量，严控破籽率，降低残酸含量。淘汰剥绒、包衣中出现的劣质种子。