棉花苗期病害主要有立枯病、炭疽病、黑斑病、猝倒病、根腐病等。棉苗发病的主要原因是种子、土壤带菌，一旦遇到适合发病的气候和环境条件，棉花苗病将严重发生，危害棉苗的正常生长，一般年份苗病发病率为30%~50%。近年来，随着转基因抗虫棉的推广，棉花苗病有逐渐加重的趋势，直接威胁着棉花一播全苗和壮苗早发。因此，综合防治棉花苗期病害，已成为棉花增产的一项不可忽视的保障措施。
一、种子严格消毒。大力提倡购买选用质量好的包衣种子，杜绝种子带菌，提高防病、治虫效果。凡是没有使用包衣种子的棉田，所用棉种也必须使用高效杀菌剂进行拌种、闷种或浸种，搞好种子消毒，以防种子带菌浸染。
二、适时播种。转基因抗虫病品种耐低温能力差，出苗慢，苗势弱，播种过早，出苗时间长，养分消耗多，苗病浸染机会多，发病重。因此，播种不可太早，也不能太迟，必须掌握适时播种的原则。一般棉田，当4厘米地温稳定在14℃时播种为宜；碱地棉田，当5厘米地温稳定在15℃-16℃时播种为宜。
三、加强棉花苗期田间管理。天气干旱时，土壤墒情较差的棉田，要随放苗及时封堵放苗孔，以种保墒；膜下土壤湿度大，又遇阴雨天时，可适当推迟封堵放苗孔的时间，待膜下土壤疏松和土壤温度适宜时再封堵放苗孔，以利散墒，减轻病害；露地棉田，应及时松土保温，遇旱保墒，遇涝散墒，近苗松土；同时还要掌握及时定苗，齐苗后间苗，长出1~2片真叶时一次定苗，以利于棉苗个体发育，增强抗病能力。
四、药剂防治，营养壮苗。定苗后，采用杀菌剂与高效叶面肥混合喷洒棉苗，既防病又壮苗，双管齐下。棉花苗病初发时，可喷洒“克菌”或多菌灵或甲基托布津，加0.2%磷酸二氢钾或多得稀土纯营养剂。发病高峰期，可喷洒2500倍恶毒灵加3500倍天丰素，棉花苗病重的地块，可单独使用1000倍“菌绝”喷灌棉苗。棉花苗期，一般7-10天防治一次，连续防治2-3次，既可减轻危害，减少损失，又能基本保证棉苗正常生长。