棉花苗期管理很关键，直接关系到棉花能否搭好丰产的架子，能否调整好营养生长向生殖生长的合理转换。苗期管理原则是：先抓好全苗，在此基础上培育壮苗，促苗早发。
苗期管理要点是：播后及时查苗，发现烂芽、烂籽，应及时补种。间苗、定苗，间苗可分两次进行，第一次在齐苗后，留壮苗，拔弱苗、病苗。第二次在１～２片真叶时进行，定苗在三叶期，此时茎秆基部已木质化，抵抗不良环境能力增强。中耕，通过中耕，可提高地温，减少水分蒸发，促使根系生长，培育壮苗，促早发。苗期一般进行３次中耕。第一次在子叶期，结合间苗。早中耕可提高苗根周围地温，促进根系早发并增加吸收能力，使真叶早出，增强幼苗抗逆性。还可破除土壤板结，起保墒作用。这次中耕深度４～５厘米。此时已进入６月份，气温上升，根系已较强大，地上部分生长加快，深中耕可散表墒，促根下扎，并控制节间，在较肥的棉田更显重要。施肥，苗期生长较慢，追肥应根据苗情，早施，轻施或不施。灌水和排涝，北方棉区的一熟棉田，播前浇足了底墒水的，苗期不浇水，做好中耕，保墒工作，实在需要浇水的则应小水轻浇，隔沟浇，浇水后要中耕保墒，改善通气状况，提高地温。苗期土壤田间持水量以５５％～７０％为宜。病虫防治，这个时期的棉花主要病虫害是：棉花枯黄萎病、棉花蚜虫、棉盲椿象、棉铃虫、棉红蜘蛛等。