棉花枯萎病菌在不同环境条件、营养条件以及寄主植株的影响等外界生态因素作用下，也由于病菌本身的遗传和变异，其致病力不断发生变化，在长期演变过程中，可以逐步形成一些比较稳定的类型，即生理型或生理小种，因其毒力不同，对不同的棉花品种致病力也不一样。中国农科院植保所1982―1984年采用国际统一鉴别寄主，对我国15个主要产棉省的17个枯萎病菌菌系进行了鉴定，结果表明，我国存在3号、7号、8号3个生理小种。7号小种主要分布于沿海到内陆等主要棉区;8号小种主要分布于湖北江汉棉区等。7号和8号小种为我国首次报道。
棉花枯萎病菌是一种专化性较强的病菌，除侵害棉花外，还侵害秋葵和决明。据西北农学院试验，甘薯、大豆、豌豆、红麻、向日葵、烟草、番茄、辣椒、黄瓜等作物，也能被枯萎病菌侵染，并可传播病害。只有小麦、玉米不受侵染所以，小麦、玉米与棉花倒茬是防治枯萎病的有效措施。又据李长兴研究，苍耳也是枯萎病的寄主，能表现出典型的枯萎病症状。
棉花枯萎病的侵染和为害，受气候条件、棉花生育阶段和栽培管理等多种因素影响：
(1)气候条件棉花苗期土温达到20oC，染病棉株开始表现症状，25～30oC，进入发病高峰，30oC以上病情受抑制。因此，黄河流域5月下旬至6月中旬为发病高峰。土壤湿度大使地温降低，发病较重。
(2)棉花生育阶段据试验，棉花无论哪个时期播种，都是蕾期发病最重。
(3)栽培管理无病土营养钵育苗移栽有利于减少苗期病害;前期中耕可以提高地温，促进根系发育，可减轻病害;棉田大水漫灌，增加土壤湿度，降低地温，利于发病;单施氮肥发病较重，氮、磷、钾混施有利于减轻病害;连作病害重，轮作病害轻，但不能杜绝菌源;据研究，棉田许多杂草是枯萎病的不显症寄主，虽不显症状，但带有病菌，是传病的中间介体，所以杂草多的棉田易发病;施用芽前除草剂不当，根系受损伤，病害重;喷施缩节胺和腐殖酸等生长调节剂有减轻病害的作用。
棉花枯黄萎病被称为棉花的癌症，目前，在大田尚无十分有效的防治措施和药剂。因此，要立足于用综合措施进行预防(包括选用抗病品种)，调动一切手段，营造一个不适合病菌侵染为害而利于棉株健壮生长的环境条件。大量的事例说明：只要棉花从苗期根壮棵壮，病害就轻。所以凡是有利于促根壮棵的措施，也都是防病减病的措施。
当前，多数棉田有两大因素对预防枯萎病极为不利：一是连年不进行棉田耕翻，二是不施用有机肥和不能平衡施肥。造成棉田耕层过浅，病菌大量聚集在土壤10～15厘米处，根系不能下扎，土壤结构变劣，有机质和钾素严重缺乏。这就为枯萎病发生埋下隐患。一旦气候条件适合，必然会造成枯萎病爆发。
今春多数地区的气候条件适合棉花枯萎病的发生发展，苗期病株5种类型均己发现。但在有些会员组长的棉田，进行了20厘米以上的秋耕，秋耕前施入了氮、磷、钾化肥和有机肥，这样就给壮苗创造了极为有利的条件，棉苗出土后就根壮棵壮，发病明显轻，或基本上没发病。在喷营养类药剂预防病害的棉田，如已有病苗，应加大药剂浓度，用克黄枯200倍液或鱼蛋白50倍液对病苗进行灌根处理。