初花期开始棉花进入生育旺盛的时期，需肥多，吸氮多，强度大，从这时开始的吸氮量占到整个生育期吸氮量的60%，这时期需要的磷和钾也占总量的一大半。高产棉花的施肥原则，在基肥的基础上及时抓好追肥管理。近年来棉花高产栽培管理的发展趋势，在实行系统化控的条件下，通过增加植棉密度实现高产的途径，这种创高产的方法在新疆棉区尤其应用突出。另外，在长江流域和华北植棉地区，为了保证棉花与粮食作物总产的不断提高，近年来出现了缩短棉花生育期大力发展夏播棉的趋势。对于这两种新的发展情况，在棉花追肥管理上，要有相应的新举措。
过去种春播棉为主，强调追肥后移（主要指氮肥），目标争取“三桃”，即要求棉株为带桃入伏、伏桃满腰、秋桃盖顶为特征的高产株型，于是在追肥上提出了重施花铃肥和补施盖顶肥的施肥重心后移的原则。但是，现在的情况不同了，追肥时期要适当向前调。在缩节胺系统化控条件下，早施蕾、花肥，对春棉高产具有良好的作用，如及早增强根系活力等。所以说化控技术的运用为调整追肥时间提供了保证，在棉田封垄之前追肥，可以减少用工和棉株机械损伤，尤其是夏播棉或短季棉更必须强调提早在蕾期追肥，保证棉苗早发，减少晚熟的威胁。总之，在采用系统化控的前提下，棉花全程施肥以基肥为主，追肥适当早施的原则。近年来的棉花高产样板田已经表明，在使用缩节胺调控的条件下，适当提早追肥有利于根系生长和防根系早衰。一般，夏播棉的追肥时期提前到蕾期（4~5叶）结合锄地施用追肥是可行的。在初花期（已经挂上1~2个幼铃）进行追肥也是可行的。
蕾期或初花期的追肥主要是追加适量氮肥（如10~15公斤/亩尿素），在缺钾土壤、有效钾含量水平较低（如沙性强的轻壤土）或在基肥中没有施过钾肥和有机肥的棉田中，还应追加5~6公斤氯化钾，此时追钾可达到促进棉龄增产的作用。尤其对于一些栽种抗虫棉品种的地块，钾肥的用量要高于普通棉花品种的3成才可满足高产的需要。
追肥的施用方法要采用肥土混合并及时灌水，不可表施尿素以免造成挥发损失或熏坏棉花叶。生产中往往将尿素撒在地表等下雨，既不覆土也不及时灌溉，这种施用方法不科学。
此外，对于高产与超高产棉田，在棉铃后期如果出现生长势头减弱或自动封顶的情况，还应及时追加尿素5~8公斤，以防止棉株早衰争取秋桃。
棉花追肥要因地制宜，以下针对我国不同产棉区的特征，提出追肥施用的原则与建议：
黄淮海棉区针对黄淮海棉区氮磷化肥用量普遍偏高，肥料增产效应下降，而有机肥施用不足，微量元素硼和锌缺乏时有发生等问题，在高产棉花的追肥上要掌握在盛蕾至初花期追第一肥，花铃期追第二肥的要领。在基肥与追肥的分配原则上，氮肥的20%～45%用在追肥；钾肥基追肥（初花期）各半。对长势较弱的棉田，结合施药混喷0.5%～1.0%尿素和0.3%～0.5%磷酸二氢钾溶液50～75公斤/次，每隔7～10天喷一次，连续喷施2～3次。
长江中下游地区棉花氮肥的35%~50%用作追肥；对长势较弱的棉田，喷施0.5%~1.0%尿素和0.3%~0.5%磷酸二氢钾溶液50~75公斤/次，每隔7~10天喷一次，连续喷施2~3次。
新疆棉区地膜棉的追肥施用方法，主要以水肥一体化调控为特色。
