棉花苗期应抓好以“争齐苗、保全苗、育壮苗”为中心的苗床管理工作。
及时补苗 因种子发芽率低，播后1周以上没有出苗，或出苗率低于30%的苗床，应及时耕翻重新播种；出苗率达40%以上，苗钵数偏少（不足70%）的苗床，应补种。水分不足早晨床土发白、底墒不足的缺水苗床，应在上午8时前、苗床内外温差较小时揭膜补水。因尿素、碳酸氢铵等肥料用量过大或除草剂施用不当，造成不出苗或死苗的苗床，应重新播种。
调温、防病虫 坚持通风不揭膜，齐苗至2叶期适当提高床温，日揭夜盖、晚揭早盖，以加快出叶速度。第二片真叶平展后坚持昼夜通风，根据床温调节通风口的位置和大小，防止产生高脚苗。苗期天气突变易导致病害发生和死苗。苗期防治好盲椿象、蚜虫、蓟马等害虫，可以避免产生无头苗或多头苗。遇低温连阴雨天气及时关闭通风口，避免冷害伤苗，并疏通苗床四周沟系排水降渍，提高地温，防止病菌侵染造成死苗。
培育壮苗 立足抗灾，配套苗床一套沟，加固绳网。及时通风散湿、定苗除草。播后密封棚膜，高温高湿催齐苗。棉苗子叶平展后及时在苗床两边交替通小风1～2天，抓住晴天中午定苗除草、晒床降湿。棉苗第一片真叶抽生时，用“促壮素”等苗床专用生化制剂化调，防止产生高脚苗，促进棉苗稳健生长。
搬钵蹲苗 搬钵蹲苗能缩短移栽后蹲苗期，提早醒棵发苗，提高移栽成苗率。一般在移栽前10～15天搬钵蹲苗，注意搬钵后及时补肥、补水、补土、增温。