俗语说：“有钱买种，没钱买苗”。棉花苗期管理的重点是抓全苗，促苗早发，培育壮苗。具体管理措施如下：
及时放苗出苗后适时放苗是保证苗全苗壮的关键，放苗的原则是放绿不放黄，在棉花子叶由黄变绿时及时打孔放苗。放苗过早，将子叶未展平的黄苗放出，棉苗不适应膜外条件，易抽干死苗；放苗过晚，膜下温度过高，会引起棉苗灼伤或形成高脚苗，不利于培育壮直。放苗宜在上午10点前和下午4点后或全阴天放苗。放苗时切忌放苗口开得过大，影响棉田保温保墒。同时放苗后，应及时用土将放苗口封严，以防大风揭膜，跑墒降温。
查苗补缺棉花出苗后及时检查出苗情况，发现缺苗断垄及早补种或移栽补苗。一般缺苗50厘米以下的可不进行补种，以充分发挥棉花自身的补偿能力。补种时应进行浸种催芽，以加快出苗，提高棉苗的整齐度。移栽时要带土移栽，缩短缓苗期，加快生长。
适时间定苗棉花间定苗时，要掌握去大、去小、留中间苗的原则，一方面大苗、小苗都去掉后，棉苗长势均匀一致，不会出现争水争肥情况，另一方面有些长势过旺、速度过快的棉苗很有可能是变异苗，这些棉苗前期生长很快，可是后期结桃性很差，坐不住棉桃，所以要改变只留大苗的间定苗误区。
合理密植棉花品种不同，地力条件不同，种植密度差异很大。一般常规品种种植密度在3000-4500株左右，杂交棉种植密度在1000-1500株左右。各地农户要根据当地土壤肥力条件和种植密度灵活掌握。
培育壮苗，预防病虫害棉苗出土后，常因低温阴雨天气，造成棉苗生长缓慢，僵苗严重，而且棉苗病害（立枯病、炭疽病、根腐病）也容易发生。苗期虫害主要有蚜虫和红蜘蛛。遇到这种情况要提前预防及时治疗。
