抗虫棉及营养钵（土方）育苗移栽技术的推广对推动棉花产业的发展和产量的提高起到重要作用。抗虫棉在抗虫方面效果显著，但对棉花抗病能力提高不大。特别是老棉区，枯、黄萎病等发生重，制约棉花生产。而棉农又多习惯在植棉大田地头留一小块地进行育苗。棉苗染病是导致枯、黄萎病的发病重的主要原因之一。当前又到了棉花育苗季节，防病要从播种开始，培育无病棉苗，保证棉花高产。具体措施如下：
选用包衣棉种：选用经杀虫杀菌剂包衣处理的棉花良种，可大幅度减少种子自身带菌传病性，切断病虫靠种子传播的途径。
增施商品生物有机肥料：工厂化生产生物有机肥不含有害病虫卵、并多含有益微生物。增施生物有机肥料可优化苗床土壤性能，能对土壤中的有害菌产生有害物质或通过营养和空间竞争等途径来减少病菌数量和根系感染，起到净化土壤减少发病的目的。具体用量：每方用4%优质生物有机肥料10~15公斤，直接掺入营养土，无须再配其他肥料即可满足棉花苗期对养分需求。
适期晚播育苗：育苗不宜过早，选晴暖天气下种，以利加速出苗、减少粉种及寒根现象发生。并在播前进行晒种。
药土盖种：对盖种土进行杀菌消毒，有效药物有恶霉灵、多菌灵、五福合剂等。采用药土盖种，使棉种发芽后首先能吸收药剂，对提高自身抗病性和抗病害侵染能力效果明显。
苗期用药：恶霉灵、霜霉威、甲基托布津等对多种苗期病害均有效。施药防治时最好采用撒土施药法，减少喷雾施药，以防药害及喷药增加湿度而加重发病。
施好送嫁药：在移栽前2~3天，喷一次甲基托布津或百菌清等杀菌剂，做到无病壮苗移植大田。
