一、立枯病
棉立枯病俗称烂根病、黑根病，全国各棉区均有发生，棉苗受害后，在近地面的茎基部产生黄褐色病斑，后变成黑褐色，并逐渐凹陷腐烂，严重时病部变细，病苗枯死或萎倒。子叶受害后形成不规则形黄褐色病斑，以后病部破烂脱落成穿孔状。成株期受害后，叶上产生褐色斑点，后脱落穿孔。
防治方法：1、合理轮作：与禾本科作物：轮作2～3年以上。2、合理施肥：精细整地，增施腐熟有机肥或5406菌肥。3、提高播种质量：春棉以5厘米深士温达14℃时为适宜播期，一般播种4～5厘米深为宜。4、加强苗期管理：适当早间苗、勤中耕，降低土壤湿度，提高上温，培育壮苗。5、药剂拌种 精选种子，用种子重量0.5～0.8％的50％多菌灵，或种子重量0.6％的50％甲基托布津，拌种。
二、枯萎病
枯萎病也叫植物的癌症，是棉花生产的大敌，近年来，迅速蔓延。枯萎病的特征是：植株矮化，叶色发灰绿色，脆硬，茎杆弯曲，茎结缩短，顶心下陷，茎杆内维管束变成灰褐色或浅黑色。发病条件：高温高湿，连茬种植，雨后晴天，会成行、成片死亡。
防治方法：1、改土：在施入有机肥、氮、磷、钾的基础上，每亩增施0.5公斤重茬剂，然后耕翻，可以杀除大部分土中病菌，并可使土壤中增加透气性，消除土壤中亚销酸盐含量、破除板结，改良盐碱，增强植株抗病能力，减少枯黄萎病危害。2、适量施用氮肥。3、适时浇水，棉花单株平均有两个铃天气干旱时浇第一水，提早浇水会促进病害发生；4、苗期、蕾期和花铃期定期喷洒2 4次枯黄急救，或恶霉灵等防治枯黄萎病。5、对已发病的植株可以动手术防治，既定在棉花基部茎杆上5～6厘米处用小刀开2～3厘米纵口，插入两段用枯黄急救原液浸泡4小时以上的火柴梗，采取上述方法可以有效控制棉花枯萎病的危害，也可以防治其它作物的枯萎病。
三、黑腐病
黑腐病棉花根部表皮呈黑色，略有凸起，无新根长出，植株矮小、叶片软绵、生长缓慢，高温下易死亡，死亡后植株呈黑枯形，直立不倒，发病区呈块状。雨后积水时间长，地势低洼，盐碱偏重或施氮肥量大的地块，中耕不及时，前茬种过甘薯、甜菜、大白菜、甘蓝、萝卜地块易发此病。
防治方法：1、整平土地，防积水，及时排水。2、雨后及时中耕松土透气，提高根系活性。3、增施石灰粉每亩15公斤，硫酸亚铁10公斤或施入重茬剂、肥力宝都可以减少和控制此病发生。4、增施有机肥和磷钾肥，控制和适量施入氮肥；5、发病期用枯黄急救，腐烂速康各20克，加水15公斤，喷洒叶面或灌根均可有效防治黑腐病。
四、病毒病
棉花病毒病主要有小叶病毒病，花叶病毒病，曲脉病萎病、紫叶病毒病落叶、落花、落果病毒病，病毒病称为植物的爱滋病，传播快捷，危害严重、减产于无形之中，是植物第一大敌人。
防治方法：在棉花生长前期用病毒医生、抗毒素、病毒立灭、枯病灵均可防治。
五、茎枯病
棉花从苗期到结铃期均能受害，前期为害子叶、真叶、茎和生长点，造成烂种、叶斑、茎枯、断头落叶以至全株枯死，后期侵染苞叶和青铃，引起落叶和僵瓣。子叶和真叶发病初为黄褐色小圆斑，边缘紫红色，后扩大成近圆形或不规则形的褐色斑，表面散生许多小黑点（病原菌）。茎部及叶柄受害，初为红褐色小点，后扩展成暗褐色梭形溃疡斑，中央凹陷，周围紫红。病情严重时，病部破碎脱落，茎枝枯死。
防治方法：1、合理轮作，合理密植，改善通风透光条件。2、拌种，棉籽硫酸脱绒后，拌上呋喃丹与多菌灵配比为1：0．5的种衣剂，既防病又可兼治蚜虫。3、喷雾，苗期或成株期发病，可用65％代森锌800倍液，或70％甲基托布津1000倍液喷雾防治。
