甘蔗黑穗病又名甘蔗鞭黑穗病，主要借助气流、雨水、灌溉水和昆虫传播。初侵染源主要是带病种蔗及带菌土壤。很多蔗农种植甘蔗时省去了对种蔗消毒这一重要步骤，或将病株拔除随手丢在田里，或作肥料或喂牛。这种做法并没有达到防治此病的目的。正确的防治方法是:
1.选用抗病品种。如新台糖16号、新台糖23号、粤糖57/423。
2.实行轮栽。在病区特别是重病区，甘蔗应与水稻、玉米、甘薯、花生或苜蓿轮作。
3.种植无病种蔗。从无病区调运种蔗是获得健康种蔗最可靠的途径，但在大面积发病的地区，全部种蔗每年都要从外地调运是不现实的。因此在病区要选留无病株的第一度梢头苗作为种蔗。
4.种苗消毒。一般化学药剂只能杀死粘附在蔗种表面的病菌孢子，对已侵人蔗芽组织的病菌则无效。所以要在使用化学药剂消毒之后，再用52℃热水浸种18-20分钟。例如，带菌种苗用52℃热水加入25%噢酮可湿性粉剂或80%喷克可湿性粉剂S00倍液浸种效果为佳。
5.新植蔗在种植后2个月，宿根蔗在齐苗后应开始进行检查，每年最少全面检查4次，最好在抽出黑穗前拔除病株。抽出黑鞭者，要小合剪下放在塑料袋内，带出田外集中烧毁，切勿将病株用作肥料或喂牛。
6.施足基肥，注意氮、磷、钾肥合理配合。适时灌水、培土，防倒伏，减少侧芽生长。
