芝麻种子安全贮藏的水分为7%左右。如含水分过多，容易在贮藏中发热，引起霉菌寄生和虫蚀。故入库前须做好下列工作：一是清洁仓库环境，进行消毒处理；二是将种子风干去杂，晒种过筛，去掉易吸潮的杂物；三是贮藏场所必须通风干燥，下面用隔潮物垫底。采取囤藏时必须把芝麻种子堆平并加防潮覆盖物，如细干沙、谷壳糠类，或用麻布、防雨布等。
入库后，要经常检查堆中温度变化，保持种子干燥，防潮严密，使种子处在密闭条件下。冬季低温时，应打开仓库门窗通风，使种温降低，以利灭虫抑菌。农户留种，以袋装贮藏为宜。
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