芝麻苗期是指从出苗至现蕾，大约需一个月。这是芝麻的营养生长时期，由于芝麻幼苗生长缓慢，苗期易受苗荒、草荒及病虫危害，因此加强苗期管理，保证全苗、壮苗为后期花蕾期生长打下基础，是增产、稳产的关键。具体来说有以下几个方面：
1查苗补苗破壳
芝麻播后5～6d，如不能及时出苗或出苗不全，应立即查找原因，采取措施。对缺苗严重的，要及早重播；局部缺苗的，应用同一品种及时催芽补种；少量缺苗的，可移苗补栽。播后遇雨，雨后猛晴，地面的碎土易形成硬壳，应在播后3～4d内，用钉耙横耙1～2遍，以破除板结，助苗出土。
2间苗、定苗
芝麻齐苗后要及时间苗，“要吃芝麻油，先破十字头”，即在第1对真叶时进行第1次间苗，将成团的苗散开，拔除过密苗。2～3对真叶时第2次间苗并预行定苗，一般在芝麻长出第4对真叶时定苗。定苗时间不宜过早，尤其在病虫害严重的年份，应适当多间苗，并在行上预留一些健壮苗以做补苗用。移苗前须灌透水，带土移栽，移栽多在傍晚或阴天进行，移后浇水覆土以利成活。间苗定苗要遵循“密留稀，稀留密，不稀不密留壮的”的原则，按计划的株距留足苗数。
3中耕除草和培土
中耕的时间和深度应根据天气、土壤墒情和苗情来确定。“芝麻满月三道草”，一般的在幼苗长出第1对真叶时进行第一次中耕，中耕宜浅不宜深，以除草保墒为主，防止过深伤根；第二次中耕在芝麻长出2～3对真叶时进行，深度5～6cm为宜；第三次中耕宜在5对真叶时进行，深度可达8～10cm。结合最后一次中耕，进行培土封根，以利排水和灌水，以利防除渍害和干旱，以利减少病害，防止倒伏。此外还应做到“雨后必锄，有草就锄”，直至盛花期不再进行。
4防治病虫
芝麻苗期主要病虫害有枯萎病、病毒病、立枯病、小地老虎、蚜虫等，它们可引起缺苗断垄，影响芝麻生长。可以用2.5%适乐时进行药剂拌种和3%呋喃丹进行土壤处理，还可以人工捕杀幼虫、抹去卵块，及时发现并拔除病株带出田外销毁，还可以用50%多菌灵800倍液加48%乐斯本乳油2000倍液进行防治。
