甘薯贮藏期间正是严冬，寒冷季节，保持适宜的温度是安全贮藏的关键。目前，贮藏甘薯普遍采用窖藏的方法。因窖藏能利用地下热和薯块的呼吸热来保温防冻，比较安全。
首先，必须因地制宜选择合适的窖型，桐庐县主要是采用山洞窖贮藏。具体做法是：选择避风向阳、地势高燥的山坡或梯地，挖成洞口小、洞腹大的贮藏窖，农户一般可以挖长、宽各1米，高0.8米的半圆形山洞窖。在梯地上挖窖，窖顶上端须留土1米以上，以防塌方。窖门位置要高于薯堆，以便通风散热。入窖的薯块以堆到窖高的1/2～2/3。窖门一般可用竹帘或草片，待到严寒来临前再用砖石或木板密封洞口，以利保暖。
甘薯贮藏时间较长，多达4～5个月，入窖前，一定要严格挑选，剔除破伤薯、病虫薯、裂薯及受冻薯等。入窖前要在窖底和窖四周铺垫干草。贮藏期间一定要专人管理，勤加检查。管理工作主要是调节窖内温度，防止病害发生，并必须根据贮藏期的三个不同阶段做好管理工作。
（1）贮藏初期 入窖后的20～30天内称发汗期，要以通风、降温、散湿为主。因初期薯块呼吸旺盛，窖温较高，湿度也大，必须注意通风散热，不要封闭窖门。待到窖外气温接近10℃时才可以封窖，使窖温稳定在12～14℃，相对湿度保持在80%左右。
（2）贮藏中期 入窖后的30～40天至翌年温度回升之前称越冬期，管理工作要以保温防寒为中心。因此阶段薯块呼吸减弱，发热量少，外界气温又低，因此，窖外必须加厚土层，严封窖门；窖内要盖草保温，保持窖温在12～14℃之间，并要防止雨雪渗入和老鼠为害。
（3）贮藏后期 开春以后，气温回升之时称回暖期。窖内经过冬季封窖；氧气缺乏，薯块生活力有所降低，如遇高温很容易感病，并会迅速蔓延。这个阶段管理工作要以通风换气、稳定窖温为主。在保持窖温12～14℃的前提下，减少覆盖，逐渐打开窖门，加强通风换气，保持薯块正常呼吸。但此时的天气时冷时热不稳定，随时注意保温和散热。
