猪流感(Swineinfluenza，SI)的病原为猪流感病毒(Swineinfluenzavirus,SIV)，属于正黏病毒科。一般呈多形态，直径约100nm，有囊膜，囊膜上有突出的糖蛋白，通常称为纤突。纤突有2种，一种是血凝素(hemagglutinin,HA)，另一种是神经氨酸酶(neuramidinase,NA)。HA和NA可作为确定流感病毒亚型和毒株的主要依据。HA在适宜条件下能凝集某些动物的红细胞，在感染的过程中与识别吸附靶细胞有关。NA既能使吸附在红细胞上的病毒脱离红细胞，也能使病毒从感染的细胞中释放出来。同种病毒的血凝素抗体可以防止病毒吸附细胞，在防止流感病毒的感染中起重要作用，而神经氨酸酶的抗体能限制病毒感染细胞。除了HA和NA这2种病毒蛋白以外，还有基质蛋白(M)，核蛋白(NP)，多聚酶(PA、PB1、PB2)以及非结构蛋白(NS)。
猪A型流感病毒容易在10日龄～12日龄的鸡胚尿囊腔或羊膜腔内培养，也适应原代猪胎肾，猪肺和猪气管上皮细胞，犊牛肾细胞，犬及人源细胞系，以及鸡胚成纤维细胞、犬肾细胞、猪睾丸细胞上培养。研究发现某些SIV毒株不能在鸡胚中增殖，因此只能利用细胞来增殖病毒。
仅依据临床症状和流行病学特点很难对该病做出确诊，确诊还需借助实验室诊断技术。目前，用于猪流感病原和抗体检测的方法主要有病毒的分离鉴定、血凝和血凝抑制试验、神经氨酸酶抑制试验、中和试验、琼脂凝胶扩散试验、免疫荧光法、酶联免疫吸附试验、聚合酶链式反应（PCR）、实时荧光定量PCR和NASBA(nucleicacidsequence?basedamplification，NASBA)法等方法，这些方法在诊断该病中发挥重要的作用。
