1 应当按致病虫种选择使用抗球虫药物
抗球虫药物对不同种球虫的作用效果存有一定的差异。各种球虫的致病力和致病部位不同，因此，对药物的敏感性也不尽相同。虽然在临床上球虫病多为多种球虫病混合感染，但不同场所的主要致病虫种差别却很大，这是抗球虫药物防治效果存在差异的主要原因之一，不同球虫对药物敏感性存在差异并已被试验资料所证实，如氨丙啉对柔嫩艾美耳球虫、堆型艾美耳球虫有高效，而对毒害艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫的控制作用却甚微。因此，如果在一个鸡场中使用抗球虫药物，应当首先确定该场的主要致病球虫种，然后再选用对这些虫种有高效杀灭作用的抗球虫药物。
2 注意不能长期使用同一种抗球虫药物
给鸡长期反复使用同一种抗球虫药物，会使球虫产生抗药性。根据大量试验研究证明，除莫能菌素外，几乎所有的抗球虫药物都已有抗药虫株出现，并表现一定程度的交叉耐药性现象。近年来，随着抗球虫药物的广泛使用，抗药虫株出现的广泛性和严重性也将日益严重。为此，农户在给鸡使用抗球虫药物防治球虫的过程中，一但发现球虫抗药性产生，养鸡户就应立即停用原抗球虫药物，采取更有效的抗球虫药物来替代之。在养鸡生产实践中，一般常采用两种换药方式，以延缓抗药虫株的出现。一是采取穿梭换药，即在同一批鸡群一个生长期中反复更换抗球虫药物；二是采用轮回换药，即在每一批鸡出栏后必换一种新药物。从目前不少养鸡场家使用抗球虫药物经验来看，养鸡场至少每六个月更换一次药物为最佳。
3 按养鸡不同生产目的采用不同的用药方法
对肉用仔鸡，在应用抗球虫药物时，可以不考虑其对免疫力的影响。常规的用药方法是在肉仔鸡整个生长期内都连续不断地应用抗球虫药物。对在鸡宰前有停药期要求的药物，应在停药同时，换用无停药期要求的药物，以防球虫病在短暂的停药期内暴发。
对产蛋鸡和种鸡，应当尽力建立鸡对球虫的免疫力，如果在这些鸡群中长期应用抗球虫药物，不但会增加养鸡生产成本，而且还会因抗药性的产生和鸡对球虫免疫力的丧失而暴发球虫病。目前最广泛的用药方法是在雏鸡饲料中加入预防性的抗球虫药物（其浓度低于肉用仔鸡的用药浓度），用药到第16周（大多数为至14周）以后停喂带抗球虫药物的饲料，目的是使雏鸡经历一次控制性的球虫感染，在不发病致死或致残的情况下使其产生足够的免疫力。此种用药方法的缺点是用低浓度的抗球虫药物很容易促使球虫产生抗药性。其次是少数鸡场采用不影响球虫免疫力的药物治疗鸡群的方法，经治愈后的鸡成为带虫鸡而获得免疫力。该方法的缺点是鸡群发病初期会导致部分鸡死亡以及使鸡场严重污染。
4 要注意药物残留
目前国际组织和不少国家，已对鸡产品中的抗球虫药残留量做了种种限制性规定，并根据用药后不同时间的残留量规定了各种抗球虫药物的休药期。如美国FDA规定，肉用仔鸡在屠宰前四天停用尼卡巴嗪，而氯苯胍、呋喃唑酮均为五天。因此，对鸡群用药时，应当按规定休药期停药。
