种蛋的品质是决定孵化率高低的关键因素，也关系到雏鸭的质量和以后的生活力。因此，孵化前必须要从以下几方面对种蛋进行选择。
1.来源与受精率 种蛋应来自饲养管理正常、健康而高产的鸭群，否则将导致生产性能不高，或者带来疾病。受精率是影响孵化率的主要因素。在正常饲养管理条件下，若鸭群的公母配偶比例适宜，则鸭种蛋的受精率较高，一般在90%以上。
2.新鲜度 种蛋保存时间越短，蛋越新鲜，胚胎生活力越强，孵化率越高。种蛋一般在产出7日后入孵孵化率逐渐下降，故以产后一周内的蛋为家。否则，孵化率降低，雏鸭体质衰弱。新鲜蛋蛋壳干净，附有石灰质的微粒，好似覆有一薄层霜状粉末，没有光泽。陈蛋则蛋壳发亮，壳上有斑点，气室大，不宜用于孵化。
3.清洁度 种蛋蛋壳要保持清洁，如有粪便或脏物污染，容易被细菌入侵，引起腐败，同时堵塞气孔，影响气体交换，使胚胎得不到应有的氧气和排不出二氧化碳，造成死胎，降低孵化率。
防止种蛋污染，在种蛋收集时应注意两个问题:
一是在产蛋箱内铺足干净的垫料(如稻壳、稻草等)；
二是种蛋的收集时间应放在凌晨4时和上午6～7时分再次进行。轻度污染的蛋用40℃左右？奈滤?∈统？.1%新洁尔灭洗溶液擦，并抹干后可以作为种蛋入孵。
4.蛋重与蛋形 按照品种、品系的特点，选择大小适中的种蛋入孵。如蛋用鸭要求在58～65克。蛋形以椭圆形为宜，过长、过圆、腰鼓形、橄榄形等畸形蛋必须剔除，否则孵化率降低，甚至出现畸形雏。鸭蛋的蛋形指数最佳在1.3～1.4，蛋形指数即蛋的纵径与横径之比。
5.蛋壳厚度与颜色 种蛋应选择蛋壳结构致密均匀、厚薄适度，鸭蛋壳厚度一般是0.35～0.37毫米。蛋壳粗糙或过薄，水分蒸发快，也易破裂，孵化率低。蛋壳过厚，气体交换和水分散发不良，胚胎破壳困难，孵化率也低。蛋壳破损的蛋不能用来孵化。蛋壳颜色要选本品种的标准颜色，如北京鸭蛋为白色，番鸭蛋为玉白色。
6.照蛋剔除 肉眼选蛋只观察到蛋的形状大小，蛋壳颜色，最好抽选种蛋进行照蛋剔除。通过照蛋可以看见蛋壳结构、蛋的内容物和气室大小等情况，裂纹蛋、砂壳蛋、钢壳蛋、气室大的陈蛋、气室不正常蛋(腰室的尖室蛋)、血块异物蛋、双黄蛋、散黄蛋等都要剔除。
