罗非鱼抗病力强，在养殖过程中很少发现病害，但在越冬期间，因水温较低，放养密度大、水质易污染，容易引起病害，严重的在短期内会引起大量的死亡。罗非鱼的越冬期较长（10月至翌年5月），病害是影响越冬成活率的主要因素之一。常见病害的防治方法为：
1.水霉病，又称白毛病。鱼体损伤后，水霉菌侵入，大量繁殖成絮状，严重时可遍及全身，鱼焦躁不安，游动缓慢。避免此病首先应该尽量勿使鱼受伤，发病后，可采用提高水温（约4℃左右）或用小苏打和食盐各万分之四的溶液全池泼洒，或用3%～4%浓度的食盐水浸洗鱼体5分钟，效果均很好。
2.鳞立病，又称松鳞病、松皮病。此疾病是由细菌感染所致，是危害越冬罗非鱼的主要疾病之一。病鱼的鳞片向外引开，腹部膨大并有烂鳍，鳍条基部充血。用2%食盐与3%小苏打混合液浸洗病鱼10分钟防治，严重时可用生石灰乳在越冬池内泼洒，使池水呈30ppM～40ppM的浓度。
3.斜管虫病。斜管虫浸入鱼体表，引起大量黏液分泌，体表形成灰白色薄膜，鳃丝红白相间，终日浮头。可用生石灰液浸洗15分钟～30分钟，或用2%的食盐浸洗病鱼5分钟即可。
4.小爪虫病，亦称白点病。此病由小爪虫浸入鱼体表或鳃部，形成白色小点状囊泡，体表，鳃部黏液增多，鳃丝暗红色，病鱼活动迟钝，呼吸困难，常浮于水面。越冬期间的水温15℃～25℃，是小爪虫病最适流行温度。可用生石灰全池泼洒预防，或用1%～2%的食盐水浸泡病鱼15分钟～20分钟。