一、遍洒法
此法能彻底杀灭病原体，可用于治疗，也可用于预防。方法是将配制好的药液遍洒全鱼池，让鱼池水达到一定的浓度，以杀灭鱼池中及鱼体表外的病原体。缺点是用药量大，池水体积的计算麻烦，副作用比较大。药物的安全范围较小时，要谨慎使用，以免造成危害。
二、挂篓或挂袋法
此法副作用小、危险系数低（几乎没有危险）、用药量小、简便易行。方法是将盛有药物的篓或袋悬挂在鱼池食场周围，形成一定范围的消毒区，以杀灭摄食鱼鱼体表面的病原体。但必须掌握好用药量，使消毒区内池水的最高忍耐浓度保持在药物安全范围内，且能使池水浓度保持2至3小时，做到既能治病，又不给鱼造成伤害。
三、浸洗法
此法一般作为运输前后及鱼转池预防消毒，用药时不影响水中浮游生物，用药量少，没有危险性。方法是将鱼集中在有较高浓度药液的较小容器中，强迫进行短期药浴，以杀灭鱼体外表的病原体。缺点是不能杀灭水体中的病原体，需专门拉网时易损伤鱼体，又麻烦。
四、口服法
此法适用于鱼病的预防和治疗，缺点是病鱼已停止摄食或很少摄食，病情较严重时无效。方法是将病鱼喜欢吃的饵料，连同一定量的药物或疫苗，加上一点无毒的粘合剂一起拌匀，制成药饵投喂，以杀灭鱼体内的病原体。
五、注射法
注射法同口服法比较，具有疗效好、吸收快、进入鱼体的药量准确的优点。常用的注射法有腹腔注射和肌肉注射。缺点是比较麻烦，费工费时，一般只在人工注射疫苗及给鱼治疗时使用。
六、涂抹法
此法只在注射催产剂及亲鱼检查时使用，有副作用小、使用安全、方便，用药量小的优点。方法是用较浓的药液涂抹鱼体表面患病的地方，以杀灭鱼体的病原体。涂抹时应注意将鱼头持向上方，防止药液流人鱼鳃造成危害。