种蛋的及时消毒是提高种蛋孵化率和雏鹅品质的重要措施之一。
常用的消毒方法有：一、福尔马林熏蒸法。福尔马林熏蒸法是目前应用最广的消毒方法，效果很好，而且操作简便。每立方米空间用福尔马林28～42毫升，高锰酸钾14～21克，熏蒸20~30分钟。
二、喷雾法。可用浓度为0.1%的二氧化氯溶液或0.1%的新洁尔灭溶液，还可采用0.02%的季胺盐溶液等，装入喷雾器，直接喷洒到种蛋表面消毒。喷雾时注意要喷到每个种蛋表面，晾干后按重量分级待孵。
三、紫外线照射法。用紫外线灯在离种蛋40厘米处开灯照射1~2分钟，然后将其翻过来再照射2分钟，务必保证所有部位都照到。此方法适用于少量种蛋入库前消毒。