一、手摸诊断
患鸭霍乱病的病鸭，死亡之前常摇头，死亡时，嘴、鼻流血水，嗉囊里充满饲料，手摸嗉囊感觉较硬；而患鸭瘟的病鸭，流涕流眼泪，死亡时眼睛充血，嗉囊空空无食物，手摸嗉囊较松软。
二、药物与病程诊断
鸭霍乱一般是零星发生，突然死亡，尤其是正在产蛋的母鸭较为多见，鸭霍乱病还能传染给鸡、猪等，而鸭瘟流行范围较广，不能传染给鸡和猪，一般多在发病后5天左右死亡。鸭霍乱可用磺胺类药物或抗菌素治疗，但对治疗鸭瘟却无效。
三、剖检诊断
翻开鸭肛门，出现充血、水肿或有黄绿色假膜者，则可判断是鸭瘟。发生鸭霍乱的病鸭或死鸭，肝脏表面有许多针头大小的灰白色的坏死；而鸭瘟则没有这些症状，但全身皮肤表面有许多血斑点，头颈部出血更为严重。