心肌炎的症状可能出现于原发病的症状期或恢复期。如在原发病的症状期出现，其表现可被原发病掩盖。多数病鸭在发病前有发热、腹泻等症状，反映全身性病毒感染。各种病毒都可引起心肌炎，其中以引起肠道和上呼吸道感染的病毒感染最多。其致病病原体可为细菌、病毒、霉菌、立克次体、螺旋体或寄生虫。
伤寒时心肌炎不少见；细菌感染时心肌受细菌毒素的损害。细菌性心内膜炎或心肌炎可以延及心肌，伴发心肌炎，致病菌以葡萄球菌、链球菌或肺炎球菌为主，脑膜炎球菌菌血症、脓毒血症等可侵犯心肌而引起炎症，多种霉菌如放线菌、白色念珠菌、曲霉菌、组织胞浆菌、隐球菌等都可引起心肌炎症。
过敏或变态反应所致的心肌炎，风湿性心肌炎属于此类。化学、物理或药物所致的心肌炎化学品或药物，或电解质平衡失调如缺钾或钾过多时，均可造成心肌损害，病理上有炎性变化；心脏区过度放射，也可引起类似的炎性变化。