发酵床健康养猪技术的饲养管理与常规养猪基本相同，只是在部分环节略有差异。
一、饲养
1、饲养管理中，猪的饲养密度不宜过高，要根据猪的不同阶段来控制放养密度。断乳仔猪：0.55平方米/头；育成期：1平方米/头；肥育期：1.15平方米/头；空怀母猪：2.5-3.5平方米/头。
2、投放饲料量要恰当，防止料槽中的饲料泼洒。尽量避免饲料洒入垫料，发生霉变。发现饲料泼洒后尽快清扫。
3、饲料配比、饮水器安装、料槽设置、喂料数量频率等应该与普通饲养一致，饮水器必须安装在硬化区，并保证来自饮水器滴跑漏的水不流进发酵床。
二、管理
1、进猪前准备：⑴猪舍应彻底消毒，包括门窗、天花板、地面、墙壁、料槽、水管、投药箱等。⑵发酵床垫料一般采用高温好氧堆积模式进行消毒处理，即在垫料表面撒上新鲜木屑或秸秆粉或米糠，混合均匀并调匀水分，45℃以上保持24小时后便可重新使用。⑶入圈生猪应提前彻底清除体内寄生虫，避免将其带入发酵床，使猪在啃食菌丝时将虫卵吞入肚内感染。⑷进猪前应检查疫苗注射情况，确保每头猪只无疫苗漏注。
2、进猪后管理：⑴猪只转入与分栏。猪只进入后，按猪只的品系、体重的大小、公母分开放置，即所有纯繁的公猪、母猪分开各放一组，所有的阉猪放一组，杂交猪放一组，并保留机动栏以放置小猪，病猪须另有隔离圈。⑵发酵床面的温度和湿度控制。床面不能过于干燥，具备一定的湿度有利于微生物的繁殖；若过于干燥，可能引起猪的呼吸系统疾病。可定期向发酵床喷洒水或活性剂溶液。检查温度，看仔猪是否适宜，如果仔猪都集中在一起睡，说明温度偏低；如果仔猪都分散睡，则温度正常。减少垫料的补水量，让垫料水分逐步控制在37-45%之间，这样可以保证微生物的繁殖不受影响，同时又可以控制发酵强度，避免发酵产生高温及高湿。⑶定期消毒和驱虫。猪只进入发酵床饲养后，应对发酵床进行定期消毒，对猪群进行定期驱虫。⑷免疫程序的制定。按一般猪场正常免疫程序制定即可。