发酵床养猪，消毒要用对人畜安全、无残留毒性、无腐蚀性、不会在猪体内产生有害积累的消毒剂。
喷雾消毒：用一定浓度的次氯酸盐、有机碘混合物、过氧乙酸、新洁尔灭等，对生猪、猪场道路和周围、进入场区的车辆、未进垫料的栏舍进行喷雾消毒。用一定浓度的新洁尔灭、有机碘混合物或煤酚的水溶液洗手、洗工作服和胶靴。
熏蒸消毒：用福尔马林、高锰酸钾在进猪前对猪舍封闭熏蒸消毒，熏蒸消毒时，用塑料薄膜将发酵床垫料覆盖，防止消毒剂杀灭或抑制微生物活性。
堆积发酵消毒：将发酵床垫料堆成1米高，上面覆盖麻袋片，以保温快速发酵，自然发酵7～10天，堆积发酵3～5天，深翻垫料一次，再堆积发酵3～5天，待垫料中层温度达40～50℃时，将垫料展平,可以进猪饲养。当批次猪出栏后，按上述方法将垫料重新堆积发酵消毒。
在猪舍周围、入口、产床和培育床下面用生石灰喷散消毒，在猪场入口，更衣室，用紫外灯照射消毒。
火焰消毒：用酒精、汽油、柴油、液化气喷灯，在猪栏、垫料表层、猪床内猪只经常接触的地方，用火焰依次瞬间喷射消毒。