消毒包括大环境消毒、带猪消毒、全进全出空栏消毒、手术及阉割消毒以及兽防人员进出猪舍消毒器械消毒等。
环境消毒
主要指场内的交通要道、大小路径和圈前圈后的消毒，可使用2%的火碱或0.2%~0.3%的过氧乙酸进行高压喷雾消毒，正常情况下每月消毒两次。
消毒池的消毒
猪场的各类消毒池统一用2％～3％的火碱水，每隔3天~4天更换一次，但要始终保持池内有适量的消毒液。另外为防种猪群蹄病，消毒池内可使用l∶80的消毒液，或者二者交替使用。出入猪舍的人员必须经消毒池进行鞋底消毒。
全进全出空栏消毒
1.首先要彻底清除栏圈内的一切粪尿、污水和杂物。
2.用高压喷水枪由上至下彻底冲洗顶棚、墙壁及栏架等。
3.待水干后用过氧乙酸或甲醛或用2%~3%的火碱水彻底冲洗。经过10小时~l2小时后，再用清水彻底冲洗栏圈地面，待干燥后，再用0.2%~0.3%过氧乙酸或1∶800的消毒威喷雾消毒。
带猪消毒
种猪、后备猪舍每周消毒1次；产房每周消毒1次~2次；保育舍每周消毒1次~2次；育肥舍每周消毒1次。如果发生疫情，消毒次数可适当增多。
手术、阉割消毒
1.手术部位首先要用清水洗净擦干，然后涂以3%的碘酊，待干后再用70%~75%的酒精消毒，待酒精干后方可实施手术，术后创口再涂3%碘酊。
2．阉割时，切口部位使用专用70%~75%的酒精消毒，待酒精干后方可施行阉割，结束后刀口处涂以3%碘酊。
3．断尾时，尾巴断端要涂以3%碘酊。
器械消毒
手术刀、手术剪、缝合针、缝合线可用煮沸消毒，或用70%~75%的酒精消毒。注射器、针头必须煮沸消毒。
兽医防疫人员出入猪舍消毒
1.兽医防疫人员进入猪舍必须在消毒池内进行鞋底消毒，在消毒盆内洗手消毒。
2.出舍时要在消毒盆内洗手消毒。
3.兽医防疫人员在一栋猪舍工作完毕后，要用消毒液浸泡的纱布擦洗注射器和提药盒的周围，进行鞋底和手消毒后方可进入另一栋猪舍。