如果羊舍积水，要及时排水，清理污泥、烂草等杂物，用干净水冲洗地面和过水圈舍，直到污泥除净。再将圈舍围栏表面、墙壁、地面采用500mg/L有效氯消毒液，或200mg/L二氧化氯，或200mg/L过氧乙酸进行喷洒、擦拭消毒。
加强环境中病媒生物控制。采取防蚊灭蚊、防鼠灭鼠、清理蚊蝇滋生地（圈舍附近的蚊虫滋生地）等措施，可采用环境喷洒药物杀灭，羊只体表喷洒趋避剂防止侵袭，改造生态环境如填埋水坑等策略。
洪涝灾后，肉羊养殖中要重点注意哪些事项？
尽快将羊转移到干净安全的地方，提供清洁的饮水和卫生的饲草料，添加些多维、黄芪多糖及预防性药物（抗生素和抗寄生虫药物）。切记不要让羊吃到水泡过或霉变的饲料、喝到地表积水（脏水），以避免腹泻或其他疾病的发生。
放牧的肉羊在水灾过后的一周内不要放牧，用贮存的干草或青贮饲料等应急饲喂。由于暴雨冲翻出来的病原微生物、粪污中的寄生虫、淹死动物的尸体等尚且存在，水和环境污染严重，放牧羊饮用或食用了污染的水或草，可能会发病甚至死亡。（国家肉羊产业技术体系）